基于金钗石斛EST 的短串联重复序列的挖掘.pdfVIP

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2017-09-13 发布于北京
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基于金钗石斛EST 的短串联重复序列的挖掘.pdf

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华南师范大学学报 (自然科学版) 2011年 5月 JOURNAL OF SOUTH CH INA NORMAL UN VI ERSITY 2011年第 2期 M ay. 2011 (NATURAL SCIENCE EDIT ION ) No. 2, 2011 : 1000- 5463( 2011) 02- 0113- 06 EST 梁山, 陈莉莉, 李洪清* (, , 510631) : 利用计算机程序搜索了金钗石斛 EST 上的短串联重复位点, 共得 2 122 个基序长度 2~ 7 bp, STR长度不小于 12 bp且重复次数不小于3的 STR位点. 其中, 3 bp- STR 最为丰富, 而 2 bp和 6 bp基序的 STR位点在可表达基因中富集. 金钗石斛基因组存在 43 个基因特异分布的 STR 位点, 暗示这些 STR 位点可能与特定的功能基因共进化. : 金钗石斛; 短串联重复; 表达序列标签 : Q785 : A ( STR), ( m icrosatl lite), Smi ple SequenceR epeat( SSR), . 1~ 6bp, 10~ 100. STR , 1 , . EST- STR STR . 1. 1 EST STR, EST - STR , EST , . HFTE 13 0 8 EST(). , EST 1. 2 STR [ 1] . EST FASTA , , STR F inder[ 12] . , 12bp( Smi ple Sequence Repeat, EST STR). : Percentage cutoff= 100, M in. base . EST - STR length= 12, M ax. motif size= 7, [ 2- 3] [ 4- 5] 7 bp, STR 12 bp [ 6- 7] . STR. (D endrobium nobile ), , , 2 . , [ 8] 2. 1 EST- STR [ ] [ 12] , STR F inder , 2 , [ 10- 11] . 13 0 8 EST Cluster( consensus) . , 2 ~ 7bp STR EST , STR /STR ,