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肿瘤蛋白质组学 蛋白质组学的概念及其发展史 蛋白质组学的研究方法 蛋白质组学在肿瘤研究中的应用 血液肽组学 蛋白质组学的概念: 人类基因组序列图谱初稿的公布，在揭示基因组的精细结构的同时，也凸显出基因数量的有限性和基因结构的相对稳定性。 基因组学虽然在基因活性和疾病的相关性方面为人类提供了有力根据，但是基因的表达方式错综复杂，同样的一个基因在不同条件、不同时期可能起到完全不同的作用。 研究生命现象，阐释生命活动的规律，只了解基因组的结构是不够的，还须对生命活动的执行者——蛋白质进行更深入的探讨。 对蛋白质的数量、结构、性质、相互关系和生物学功能进行全面深入的研究已成为生命科学研究的迫切需要和重要任务，一个以“蛋白质组”为研究对象的生命科学新时代已经到来。 蛋白质组学的产生与发展： 1994年，澳大利亚学者Williams和Wilkins首先提出与基因组相对应的“蛋白质组”概念。 1996年，澳大利亚建立了世界上第一个蛋白质组研究中心。 同年，丹麦、加拿大也先后成立了国家蛋白质组研究中心。 随后，多个国家加入了蛋白质组研究行列。 1997年，召开了第一次国际蛋白质组会议，预测21世纪生命科学的重心将从基因组学转移到蛋白质组学，为生命科学和医药学领域的研究带来了新的生机。 2001年，国际人类蛋白质组组织成立，提出人类蛋白质组计划，相继启动几个重大国际合作项目。 蛋白质组学的产生与发展（我国）： 1998年启动蛋白质组学研究； 2002年首次牵头组织了人类肝脏蛋白质组计划这一重大国际合作项目； 2003年成立了中国人类蛋白质组组织，同年召开了首届中国蛋白质组学大会； 2004年10月在中国北京召开了第三届国际蛋白质组学会议； 我国在鼻咽癌、肝癌、肺癌、食管癌和白血病蛋白质组研究方面取得了较大进展。 蛋白质组表达模式的研究方法 组织细胞的破碎裂解； 缓冲液的选择； 蛋白质增溶溶解以破坏蛋白质与蛋白质分子之间及蛋白质与非蛋白质之间的共价与非共价相互作用； 变性及还原； 去除非蛋白质组分如核酸、脂类等。 蛋白质抽提的原则 尽可能溶解全部蛋白质，打断蛋白质之间的非共价键结合，使样品中的蛋白质以分离的多肽链形式存在； 避免蛋白质的修饰作用和蛋白质的降解作用； 避免脂类、核酸和盐等物质的干扰作用； 蛋白质样品与第一向电泳的相容性； 对临床组织样品的蛋白质的纯化一定要保持其组织细胞的纯净性，如肿瘤组织中总是与血管、基质细胞等混杂。 组织细胞蛋白质样品的制备 蛋白质一步提取法： 蛋白质分步顺序提取法：（疏水性蛋白质、低丰度蛋白质） 细胞蛋白质样品的制备 培养细胞总蛋白质的提取 细胞蛋白质样品的制备 亚细胞器蛋白质的提取 细胞蛋白质样品的制备 细胞膜蛋白质的提取: 细胞蛋白质样品的制备 体液蛋白质（如：血清、血浆、脑脊液、尿液等）: 样 品 制 备 肿瘤组织总蛋白质的抽提： 常见蛋白质样品中的污染物及其影响与去除方法 肿瘤蛋白质组学研究方法 样品（实验组和对照组） 同位素相对标记与决定定量技术（iTRAQ技术） 简介： 是近年来最新开发的一种新的蛋白质组学定量研究技术。 iTRAQ试剂盒包括八种同量的胺活性试剂，能对蛋白质水解的肽段进行标记，因此采用串联质谱方法，可以对肽段进行精确的鉴别和定量。 能够得到：一般500至600种蛋白，以及不同样品间蛋白质表达的差异。 同位素相对标记与决定定量技术（iTRAQ技术） 应用： 同时标记8个样品，一次实验实现多大8个样品的蛋白质鉴定和定量 可以进行多个时间点蛋白质组动态变化的监测 可以分析详细分期/型的临床疾病样本，并看设计样本重复 甚至可以进行个体样本的研究 细胞周期、细胞信号传导整个过程的蛋白质组动态学 同位素相对标记与决定定量技术（iTRAQ技术） 技术特点和优势： 定量敏感、反应速度快 标记完全，标记效率高（达97%以上） 较高的重复性，能简化图谱的复杂程度、提高离子强度 可对多达八种不同样本同时进行定量分析 定性与定量同时进行 同位素相对标记与决定定量技术（iTRAQ技术） 原理： iTRAQ试剂包含八种不同的胺活性试剂。每种胺活性试剂与水解后肽段结合。 胺活性试剂包含报告基团和平衡基团。 同位素相对标记与决定定量技术（iTRAQ技术） 实验流程： 样 品 分 离——蛋白质双向凝胶电泳分离技术 双向凝胶电泳（two-dimensional electrophoresis, 2DE)是最主要的基于胶的蛋白质组学分离技术 第一向，根据不同蛋白质分子所带电荷量的差异，以等电聚焦技术进行分离 第二向，根据蛋白质的分子量不同，通过SDS凝胶电泳进行分离 分辨率高，应用广泛 平 衡： 第一向IEF电泳结束后，需向