Java AWT和JAI技术在生物数据库图像显示上的应用.pdfVIP

第 8卷 第4期 生 物 信 息 学 V01．8 N0．4 2010年 12月 ChinaJournalofBioinformatics Dec．，2010 JavaAWT和 JAI技术在生物数据库图像显示上 的应用 李泽 ，赵晓飞 ，沈翔 ，张国庆 ，郭景康 ，王健 卫 (1．上海大学生命科学学院，上海 200444；2上海生物信息技术研究中心，上海 200235) 摘要 ：利用JavaAWT和JAI技术绘制生物 图像 的方法可 以使在实验室 中得到的生物实验数据 自动转化为需要的图谱 ，并且 图 像 的精确度高。绘制成的图像既可以保存在本地硬盘 中，也可 以在浏览器 中以网页的形式展示 出来供研究人员分析使用。 该方法 目前已在上海生物信息技术研究中心开发的可视化工具MapViewer和主题数据库H2H，SRA中得到应用。 关键词 ：AWT；JAI；基 因组 图谱 中图分类号 ：TP392 文献标识码 ：B 文章编号 ：1672—5565(2010)一04—347—04 CreatingImagesforBiologicalDatabaseswithJavaAW T andJAI U Ze ，ZHAOXiao—Fei，SHENXiang ，ZHANG Guo—qing ，GUOJing—kang。，WANGJian， (．Schoolof，J Sciences，ShanghaiUniversity，Shanghai200444，China； 2．ShanghaiCenterforBioinformationTechnology，Shanghai200235，China) Abstract：HerewedescribeamethodthatrisesJavaAWTandJAItocreategenomemap．Thismethodcantransform thebiologicaldata tointeractivemapsdisplayedonwebpageswithprecision．ThistechnologyhasbeenappliedtoLSBIsitessuchasMapViewerbrowser， H2H databaseandSRA database，whichwasdevelopedbyShanghaiCenterforBioinformationTechnoloyg ． KeyWords：AWT；JAI；GenomeMap 随着计算机信息技术 的不断发展 ，计算机在生 toShop，MSVisio等绘 图工具手工完成。这样做不 物领域中得到了越来越广泛的应用。利用计算机绘 但耗费大量的时间而且精度不高 。再者我国生物信 制生物图像可以很生动地描绘出生物世界的微观形 息资源的管理和利用方面还很落后 ，目前还没有成 态 ，为生命科学的发展提供了重要的研究手段。 熟的生物数据的可视化工具 。上海生物信息技术研 美国国立生物信息技术研究 中心 (National 究中心应用 Java中的AWT、JAI技术 以及 J2EE框 CenterforBiotechnologyInofrmation，简称 ：NCBI)开 架开发了可视化工具 MapViewer，并将其 中的绘 图 发了MapViewer可视化浏览工具 ¨J，通过它可以查 技术应用于主题数据库 H2H(head—to—head)和 看一个生物体的完整 的基因组 ，或者一个染色体 的 sRA(Sh0nReadArchive)的开发中。 完整图示及其 内部 的详细信息，也能得到感兴趣 区 域的相关序列数据。由英 国Sanger研究所 Well— 1 Java绘图工具简介 come基金会及欧洲分子生物学实验室所属分部欧 洲生物信息学研究所共同协作运营的Ensembl提供 Java从第一个版本开始就通过 java．