比较基因组学平台设计与实现.pdfVIP

2010;30(2)%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% 南方医科大学学报(J%South%Med%Univ) · 219 · 比较基因组学平台的设计与实现 1 1 1 2 1 1 2 刘 娜 ，郭云波 ，孙显赫 ，马 骊 ，邓亲恺 （ 南方医科大学基础医学院生物信息学研究室， 生物技术学院分 子免疫学研究所，广东 广州 510515 ） 摘要：目的开发一个基于Web 的本地服务器支持的功能全面的基因组比较和可视化平台，以加快对基因组的分析。 方 法 构建以 服务器为平台的 服务器，采用 语言编程，优选整合了 、 、 等 Apache%HTTP% WEB% Perl% MUMmer LAGAN Mauve% 多个基因组学研究的软件和算法，针对生物学家不同的应用目的，可直接在网页上提交基因组序列数据和参数选项，经 平台处理的结果通过网页以图形化的方式返回用户。 结果该平台可以处理多种序列数据输入格式， 实现了完整的基 因组序列和草图基因组序列比对，近远源物种的双基因组或多基因组比对，基因组间的同线性区域寻找，以及定位大范 围的基因组重组（基因插入 缺失、重复、重排和水平转移）和小的核苷酸突变等功能；并将结果以图形化的方式显示。 / 应用本平台，对 种新型甲型流感病毒株作基因组同源性分析，表明 基因可能来自于人 ， 、 基因可 10 PB1 H3N2 PB2 PA 能来自于禽类 ，而 、 基因可能来自于猪 。在本平台上还对结核分枝杆菌（ 、 ）和牛分支 H3N2 HA NS H1N1 H37Rv CDC1551 杆菌（ ）基因组的研究分析，发现插入 缺失和重复序列是导致三个菌株基因组差异的主要来源。 结论该平 AF2122/97 / 台功能资源整合较全面，应用界面友好，结果显示直观，故可作为比较基因组学常规研究的有效平台。 关键词：比较基因组学；基因组比对可视化；同线性；基因组重组；生物信息学；甲型流感病毒；结核分枝杆菌 中图分类 ： 文献标识码： 文章编 ： R34 A 1673-4254(2010)02-0219-05 Design and construction of the platform for comparative genomics 1 1 1 2 1 LIU%Na ,%GUO%Yun-bo ,%SUN%Xian-he ,%MA%Li ,%DENG%Qin-kai