基于电子捕获裂解电子转运裂解串联质谱技术蛋白质组学研究.pdfVIP

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2010, 37(1): 94~ 102 于电子捕获裂解 电子转运裂解串联质谱 / 技术的蛋白质组学研究* 1)** 2)** 1) 2) 1) 1) 1) 1) 孙瑞祥 董梦秋 迟 浩 杨 兵 秀丽蕴 王乐珩 付 岩 贺思敏 1) 2) ( 中国科学院计算技术研究所，智能信息处理重点实验室，北京100 190； 北京生命科学研究所，北京 102206) 摘要 蛋白质组学的兴起带动了质谱技术的快速发展，而质谱技术的进步则拓宽了蛋白质组学研究问题的广度 最近 10 年 内，肽段或完整蛋白质在质谱仪 的裂解技术———电子捕获裂解(electron capture dissociation, ECD)与电子转运裂解(electron transfer dissociation, ETD)逐渐发展起来 ECD 和ETD 在蛋白质组学中的应用，特别是在蛋白质的翻译后修饰鉴定和“自顶 而下(Top-down) ”的完整蛋白质裂解研究 已经展示出了诱人的前景 对ECD 和ETD 的基本原理、质谱特点、仪器实现、 数据解析算法与软件开发，以及在蛋白质组学 的应用进展等方面进行了比较系统全面的阐述，并对当前的研究问题、面临 的技术挑战与未来的发展趋势等方面作了深入剖析 关键词 电子捕获裂解，电子转运裂解，碰撞诱导裂解，串联质谱技术，计算蛋白质组学 学科分类号 Q51，TP39 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2009.00352 质谱技术 经成为当前蛋白质组学研究 不可 切、在质谱仪 离子化的肽段 肽碎裂过程主要产 [1] 或缺的平台，质谱数据的信息质量直接决定了蛋白 生b 和y 类型的离子，如图 1 所示 相应地，常 质鉴定的可靠性和鉴定数量 目前，蛋白质鉴定最 用的蛋白质鉴定软件也主要是利用这两种类型的离 主要的方法是利用串联质谱检索蛋白质序列数据 子峰信息与理论质谱进行匹配，可靠的匹配结果一 [1] 库 虽然它可以较好地解决大部分简单或 低复 般依赖于匹配上较多的强度较高的连续谱峰 CID 杂程度的蛋白质鉴定问题，但随着人们对复杂的蛋 在蛋白质鉴定 已经有很多成功的应用，但随着蛋 白质翻译后修饰鉴定需求的提高，由碰撞诱导裂解 白质组学研究的逐渐深入，人们对肽段或蛋白质的 (collision induced dissociation, CID)方式获得的串联 碎裂提出了更多更高的要求 如对于非胰蛋白酶酶 质谱在鉴定翻译后修饰问题上遇到了很多技术困 切的较长肽段，或者发生翻译后修饰的肽段，CID 难，如由于显著的 性丢失而导致质谱中与氨基酸 的碎裂途径往往受到很大的抑制，导致产生的质谱 列相关的离子信息减少、难以确定修饰位点等 有用信息相对于未修饰的肽段减少，使得鉴定结果 1998 年发现 的电子捕获裂解(electron capture 的可靠性显著降低 因此，寻求新的更有效的碎裂 dissociation, ECD)[2]和2004 年发现的电子转运裂解 方法最近几年已成为蛋白质质谱领域的一个重要研 (electron transfer dissociation, ETD) [3] 可以很好地解 究方向