基因分型技术研究进展.pdfVIP

细胞生物学杂志 Chinese Journal of Cell Biology 2009, 31(2): 169177 基因分型技术的研究进展 1 * 陈　鹏 樊春海 贺　林 师咏勇 1 (上海交通大学Bio-X中心,上海200030;中国科学院上海应用物理研究所,上海201800) 摘要　　单核苷酸多态性(SNP)是人类基因组中出现最频繁的一种遗传变异,目前已知的SNP 位点已经超过900万。SNP在揭示疾病分子机制的关联研究中具有重要地位,而高通量关联分析 对SNP基因分型技术提出了更高的要求。本文综述了SNP基因分型技术的进展,并重点介绍了纳 米材料在基因分型中的应用以及由此衍生出的新的基因分型方法。 关键词　　单核苷酸多态性;纳米材料;基因分型 确定等位基因的方法和利用DNA序列特性间接区分 遗传多态性包括短序列重复(short tandem repeat, 等位基因的方法。下面我们列出几种典型的直接确 STR),限制性片段长度多态性(restriction fragment 定等位基因的SNP分型方法和利用DNA序列特性间 length polymorphism, RFLP)和单核苷酸多态性(single 接区分等位基因的SNP分型方法。 nucleotide polymorphism, SNP)等。严格说来, SNP 是指人群中单个碱基的变化,在人群中出现的频率超 1.1直接确定等位基因的方法 过1%。除极少数SNP之外,大多数SNP只有两个 直接确定等位基因的方法是直接检测目标DNA 等位基因,因此分型相对容易。SNP是人类基因组 的碱基序列。这类方法的典型代表就是Sanger的双 [1] [7] 中最常出现(约68%)的遗传变异 ,在人类基因组中 脱氧末端终止测序法 ,曾经被用于人类基因组计划。 [2] 之后,相继开发出许多SNP基因分型技术,比如微测 分布广泛,每1 000个碱基对就有一个 。大多数 [8] [9] SNP发生在非编码区域,不会改变蛋白质的功能,不 序(minisequencing)、焦磷酸测序 、 [10] [11] 过由于分型容易并且在基因组中分布广泛,它们已经 荧光偏振法 和荧光共振能量转移法 等等。 成为基因组研究中重要的遗传标记。SNP基因分型 Sanger测序法的原理是在普通的引物延伸反应 就是确定特定SNP位点的基因型的过程。 中加入4种不同荧光标记的双脱氧核苷三磷酸 生物体演化出了复杂的通路以实现各种复杂的 。如果 分子生化活动。如果SNP发生在这些通路上的基因 ddNTP被掺入到合成链中,聚合酶就无法继续延伸这 中,就可能导致疾病易感性的变化;也可能导致个体 条链,所以延伸产物中含有各种长度的带荧光的延伸 对一定剂量药物治疗的反应各不相同,这在临床上有 产物(图 1A)。用电泳分离这些产物能得到目标DNA的