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农业基础科学 现代农业科技 圆园11年第7期
基于NC-SVM的酵母蛋白功能预测研究
王婷婷 黄 燕*
渊中国农业大学信息与电气工程学院袁北京 100083冤
摘要 蛋白质功能的预测是当前生物信息技术的一个重要研究方向袁它广泛应用于分析新发现蛋白质的功能及人工合成的蛋白质功
能遥利用酵母蛋白相互作用数据袁首先针对传统的基于支持向量机和基于邻近投票法的功能预测法分析了它们各自的优劣性袁然后研究出
结合2种预测方法的优势的NC-SVM法对酵母蛋白的功能进行预测袁采用科学的评价方法袁通过反复试验并对结果进行分析袁发现这种新
方法的预测结果优于单独使用前2种袁而且具有一定的稳定性遥
关键词 酵母蛋白曰支持向量机曰邻近投票法曰功能预测
中图分类号 TQ931 文献标识码 A 文章编号 1007-5739渊2011冤07-0012-03
Prediction Study of the Protein Function for Yeast Protein Based on NC-SVM
WANGTing-ting HUANGYan*
渊InformationandElectricalEngineeringCollege袁ChinaAgricultureUniversity袁Beijing100083冤
Abstract Intheproteomicsformed inthepost-genomicera袁oneofthemostimportantareasofbioinformaticsispredictionofproteinfunction
usingforanalyzingtheproteinofnewproteinortheartificialprotein.Basedondatabaseoftheprotein-proteininteractionforyeastprotein袁themerits
andthedemeritsbothoftheSupportVectorMachineandtheNeighborCountingmethodwereanalyzed袁thencombiningthetwomethods袁anewmethod
called NC-SVMwas engendered.Throughthe experiments袁withthe scientificevaluationmethod袁it爷sconcluedthat the new onewas better than the
onesbefore袁andshowedcertainstability.
Keywords yeastprotein曰SupportVectorMachine曰NeighborCountingmethod曰functionprediction
酵母中含有一些功能蛋白袁具有广泛的生物功能袁在体 本思想是用少数支持向量代表整 A B
内主要参与微量元素的储存尧运输和代谢袁拮抗电离辐射袁 个样本集袁通过某一事先选择好的
E
清除羟基自由基及重金属解毒等多种作用遥酵母蛋白是存 非线性函数椎渊x冤将输入空间的数
D C
在于天然酵母中的一种优质完全蛋白遥蛋白质功能预测是 据映射到一个高维特征空间袁然后
[1] 图1
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