霍乱弧菌N16961超级整合子重复序列及基因盒分析.pdfVIP

生 物 技 术 通 讯 UTrERSIN BIOTECHNOLOGY Vo1．21No．6Nov．，2010 767 doi：10．3969／j．issn．1009—0002．2010．06．004 研究报告 霍乱弧茵N16961超级整合子重复序列及基因盒分析 高艳 ，逢波 ，杜鹏程 ，王海印 ，阚飙 。 中国疾病预防控制中心 传染病预防控制所 a．腹泻病室；b．生物信息室 ；北京 102206 [摘要] 目的：确定01群 ElT0r型霍乱弧菌N16961超级整合子 (SI)中霍乱弧菌重复序列 (VCR)的序列特 点．以及 VCR和基 因盒 的数量及位置。方法 ：用局部序列比对软件 BLAST将 VCR参考序列与霍乱弧菌N16961的 Ⅱ号染色 体进行比对，用ArtemisComparisonTool查看 比对结果获得 比对 区域 的位置信 息，并采用perl语言脚本获得霍乱弧 菌 N16961的Ⅱ号染色体 VCR相应 区域的序列 ；用全局 比对软件 ClustalW将上一步获得 的所有VCR序列进行多 序列比对 ，采用 perl语言脚本处理比对结果获得一致性序列 ；用 MEGA4．0软件查看 多序列 比对结果，并采用 perl语 言脚本计算各位置变异频率 ，据此分析霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体上 VCR和基 因盒的特点。结果 ：在N16961的 超级整合子中有 158个 VCR，其核苷酸长度为 117～l24bp；其一致性序列有 126个核苷酸，其 中37个为保守核苷 酸位 点，89个 为可变核苷酸位点；139个 VCR与相邻的VCR之 间至少有 1个基 因，19个VCR相互之 间没有任何基 因；N16961的SI中共存在 146个基 因盒 ，基 因盒大小为390～5924bp不等，每个基 因盒 中整合 的基 因数 目为 1-9 个不等 。结论 ：建立 了SI中VCR和基 因盒 的分析流程 ，分析 了SI中VCR 的保守及变异位点，明确 了霍乱弧菌 N16961的SI中VCR和基 因盒 的信息，为霍乱弧菌和其他细菌 中sI的研究提供 了分析基础 。 [关键词] 霍乱弧菌；超级整合子；霍乱弧菌重复序列；基因盒 [中图分类号】 Q75 [文献标识码] A [文章编号] 1009—0002f2010)06—0767—40 Vibrio cholerae Repeatand Gene Cassette Analysisin the Super In- tegron ofO1ElTorV．cholerae Strain N16961 GA0 Yah~,PANG Boa，DU Peng-Chen ，WANG Hai-Yinb,KAN Biaoa a．DepartmentofDiarrhea Disease；b．DepartmentofBioinformatics；InstituteforCommunicable Disease Controland Prevention，ChinaCDC，Beijing102206，China [Abstract】0bjective：TodeterminethenumberandpositionofVibirocholeraerepeat(VCR1andgenecassettein thesuperintegron(SI)ofV．choleraeN16961．Methods：Perform comparisonbetweentheVCR andchromosome Ⅱ ofN16961with BLAST， and then gettheposition infomr ation ofthe VCR in N16961with ArtemisComparison T0o1． Getthesequence ofeach VCR with a scriptwritten in PERL． Perform globalmultiplecomparisonofal1of theVCR found in BLAST with ClustalW and getthecon