《生物信息学》第四章序列分析.pptVIP

序列的相似性 序列的相似性 一致性(identity): 两个蛋白质有一定数量的氨基酸在排比的位点上是相同的，即如果38个氨基酸的蛋白质中15个位点相同，我们说它们一致性为39.4%. MSDTPSTGFSIIHPTSSEGQVPPPRHLSLTHPVVAKRISFYKSG -------------PRNGTIKIYENPARTFTRPYSAKNITIYKEND 所以, 相似性的数值一定比一致性的要( ) 大 or 相等 or 小 生物序列的同源性 同源性(homology)： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论，属于质的判断。就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都是不科学的。 序列相似性比较和序列同源性分析 所以，我们说， 序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST等； 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间是否存在同源关系。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等； 序列比较的基本操作