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PDQuest? 2-D Analysis Software 培训教程 BIO-RAD 2007年4月 目 录 PDQuest8.0教程。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 第1课 打开和查看图像 ----------------------------------------------------------- 第2课 实验组-------------------------------------------------------------------------- 第 3 课 点编辑，查看及匹配------------------------------------------------------ 第4课 重复组和组内一致性分析------------------------------------------------- 第5课 分析组管理器----------------------------------------------------------------- 第 6 课 报告-------------------------------------------------------------------------- 一、PDQuest? 2-D Analysis Software的简介与性能特点 : 作为Discovery SeriesTM软件家族的一员，PDQuest提供专业的双向电泳凝胶分析和数据库管理。PDQuest软件具有强大的比较分析能力，特别设计用于同时分析多块凝胶。这种先进的分析工具能揭示被分析凝胶彼此间的细微差异（例如：研究热激反应、培养液、剂量反应和时间进程等变量的影响）。 PDQuest拥有长久的使用历史，有大量的应用文献可供参考。通过加强自动化操作和多种来源数据整合等，其功能不断升级加强。功能强大的自动匹配算法能快速精确地比较凝胶，只需很少或无需人工干预。灵活的注释功能使PDQuest成为建立中心化信息库的首选工具，可将任何类型的特征数据连接到凝胶主图像的每个样品点上。你可简便地查看和使用已鉴定蛋白的相关信息。 自动斑点检测和匹配 “斑点检测程序”(Spot Detection wizard)可快速精确地进行斑点检测 自动检测及高斯模型可分离重叠的斑点，避免人工编辑 自动斑点匹配功能，拥有专利的算法可获取出众的准确度，无需人工干预 “斑点检测和匹配报告”(Spot detection and Matching Summary report)帮助定义最佳的斑点检测和匹配参数 “重复组一致性工具”（Replicate Group Consensus Tool）可调节同一样品重复实验的凝胶上蛋白斑点匹配信息，以查找和校正斑点检测误差 应用一个专利的SYPRO宝石红滤光片，可从真正蛋白点中自动鉴别和去除背景假点 “标准自动添加”（Auto –add to Standard）功能，可快速地从实验凝胶自动构建一个合成参考凝胶 先进的定量功能 多种浓度均一化方法消除了不同凝胶间的实验误差，以获的更准确的比较结果 多种背景去除方式保证低丰度蛋白点的定量精确性 以重复组、样品类型或以单独凝胶为基础的定量模式可获取在统计上有代表性的定量结果 “自由画笔”（Volume Freehand）和“自动等高线”（auto-contour）等定量区域确定工具可自行确定蛋白点定量区域 分类定量报告可包含所有凝胶斑点和参考模板胶上斑点的浓度比率 统计分析工具 先进的统计分析工具可找出在实验中有显著性的斑点 用户可调整显著性等级，并将之添加到统计分析的设定中 直观的数据采集工具帮助用户确定表达异常者 逻辑数据库模型可结合和分析比较多个数据库 Wilcoxon成对样品算法可统计比较样品对 灵活的显示工具 在所有凝胶图像中的将匹配与不匹配的斑点以不同颜色标记 当编辑斑点匹配时，匹配-偏移导引以红色标示异常点，以方便查找 来自多块等电点或分子量跨度分离的凝胶可拼接成“虚拟凝胶”的合成图像 图中斑点动态连接散点图工具，便于鉴定变化的蛋白 颜色标记的图像根据重复组或样品族属性区分样品 灵活的注释能力，可把丰富的文本注释、URL解说或数据文件与斑点相连接 样品分类数据库 可定义无限量的样品族，且其属性可直接注明或从外部输入 样品族可作为统计分析或图像比较的基础 整合 与蛋白质组学研究进程中的主要工作元件紧密整合，以获取无误差的数据整合——样品跟踪、斑点切取、质谱蛋白鉴定及生物信息 与ProteomeWorksTM和ProteomeWorks TM Plus蛋白点切取仪整合的全自动化操作 从Micromass质谱分析仪自动输入蛋白鉴定结果 直接与