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第 4 卷第 6 期 江 南 大 学 学 报 自 然 科 学 版 Vol . 4 No . 6
2005 年 12 月 Journal of Southern Yangtze University( Natural Science Edition) Dec . 2005
文章编号 :167 1 - 7 147 (2005) 06 - 0642 - 03
直链淀粉结构的分子动力学模拟
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张革新 , 王正武 , 李炜疆 , 须文波
( 1. 江南大学 化学与材料工程学院 ,江苏 无锡 2 14036 ;2 . 江南大学 工业生物技术教育部重点实
验室 ,江苏 无锡 2 14036 ;3 . 江南大学 信息学院 ,江苏 无锡 2 14 122)
摘 要 : 为了研究直链淀粉的结构 ,构建并优化了200 个单体组成的直链淀粉模型. 在 Dreiding Ⅱ
力场 、热力学温度为 300 K 条件下对直链淀粉进行 1 n s 分子动力学模拟计算. 分析了直链淀粉分
子力学优化的结构 、1 n s 时的结构以及势能最低时的结构 ,其结果将有助于对直链淀粉结构功能
的进一步研究.
关键词 : 直链淀粉 ;势能 ;分子动力学
中图分类号 :Q 6 1 文献标识码 : A
Amylose Structure with Molecular Dynamics Simulation
ZHAN G Gexin1 , WAN G Zhen gwu1 , L I Weij iang2 , XU Wenbo3
( 1. School of Chemical and Mat erial Engineering , Sout hern Yangtze U niver sit y , Wuxi 2 14036 , China ; 2 . Key
L aboratory of Indu st rial Biot echnology of Mini st ry of Education , Sout hern Yangtze U niver sit y , Wuxi 2 14036 ,
China ; 3 . School of Information Technology , Sout hern Yangtze U niver sit y , Wuxi 2 14 122 , China)
Abstract :To st u dy t he amylo se st r uct ure , amylo se mo del i s buil ded and op timized . Molecular
dynamics simulation of amylo se wa s carried out wit h Dreidin g Ⅱforce field at 300 K. The
amylo se st ruct ure op timized wit h molecular mechanics , t he amylo se st r uct ure at 1n s ,t he amylo se
st ruct ure at t he lowe st pot ential ener gy i s analyzed . The re sult s will help to develop t he relation
bet ween f unction and st r uc
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