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Internet上的小分子化合物公共数据库资源的利用 郑颖*，邓勇 ( 中国科学院 成都文献情报中心，四川 成都 610041) 随着计算机网络技术的发展和普及，Internet 已经成为了当今世界资源最为丰富的信息库 和文献资料库，是科研人员获取科研信息最方便、最快速的渠道。作者对新近出现在网络上 的几个优秀的小分子化合物公共数据库资源进行了介绍，以期能使更多的中药和生物药研究 开发人员认识它们，利用它们，借由它们得到研发新药的灵感和研发过程中所需的资料。 [1] 1 PubChem-有机小分子化合物公共数据库 PubChem 的URL为：/ 美国“分子文库计划”（The Molecular Libraries Initiative，MLI ）是在基因时代促进科学 发展的一个大胆计划，它将为研究探索提供新的路径，从而加速科学研究以及将其成果转化 为公共健康服务的进程。这一计划是美国国家健康研究院（NIH ）医学研究指南的一个主体 部分，旨在促进公共部门对小分子数据库的使用，开发小分子技术，以便更为深入和广泛地 理解与健康和疾病相关的基因、细胞及有机体的功能。公共化合物数据库(PubChem)是MLI 的重要组成部分，PubChem是一个免费网站，于2004年秋季启动。 到目前为止，PubChem拥有65万个化合物的结构和生物学阵列等信息，并与NIH免费的 公共生物医学文献数据库 (PubMed)连接。PubChem 的发展目标是涵盖MLI 的数据，扫描几 千种分子的生物活性。NIH希望基础科学的研究人员能够使用这一数据库来鉴别他们所使用 的化合物，以探索基因和细胞的工作机制。 PubChem是一个加速美国多数卫生问题新治疗 方法发展的重要新工具。它向生物医学研究者们提供范围广泛的化学物质的生物活性信息。 PubChem在生物技术信息国家中心（National Center of Biotechnology Information ，NCBI ） 的Entrez信息检索系统中有3个链接的数据库。这些数据库子集链接是：物质数据库 （PubChem substance ），化合物数据库（PubChem compound ）、和生物检测数据库（PubChem BioAassay ）。PubChem也提供快速化学结构相似性搜索工具―结构检索（Structure Search）。 物质数据库的内容包括了化学结构、异名、登记号、描述、相关URL 、与PubMed 的交 叉数据链接、蛋白质三维结构和生物筛选结果等。其为寄存化学物质记录（deposited chemical substance records ）的检索途径，提供与生物学性质和信息寄存者网址的链接。物质数据库 现有记录已经超过85万条记录。 化合物数据库收载了65万个化合物的独特结构。该数据库和物质数据库的检索方法相 同，都可用名称、异名、关键词以及化学性质（包括分子量、氢键供氢体数等）多种检索途 径查询化合物，并提供与每个化合物的生物学性质信息的链接。 生物检测数据库：用从生物检测描述中得来的术语来检索生物检测记录，例如“癌症细 胞系”。它提供与活性化合物和生物检测结果的链接，现收载了170多条生物检测数据。 结构检索：用化学结构式作为查询词来搜索PubChem 的化合物数据。可按SMILES，MOL files或其他格式来绘制和说明化合物的结构。 数据库提供从PubChem 的化学结构记录到其他Entrez数据的链接。这包括了到PubMed(美 国国家医学图书馆服务) 的科学文献和NCBI 的蛋白质三维结构资源的链接。到PubChem生物 检测数据库的链接可显示生物筛选的结果。到信息寄存者网址的链接可为查询者提供进一步 的相关信息。也可用PubChem 的FTP站点来下载数据。 数据库的检索界面如下图所示： [通信作者] *郑颖，理学博士，副研究员，028E-mail: zhengy@ 1 可在左侧下拉菜单中选择检索数据库子集，在右侧框中输入检索词。例如，选择物质数 据库子集，输入茴香醚的化学名methoxybenzene,或其IUPAC名anisole，都可搜索得到该化合 物的名称、分子量、分子式、结构式以及