芽胞杆菌属种类全基因组序列相似性及其分子系统发育研究.docVIP

芽胞杆菌属种类全基因组序列相似性及其分子系统发育研究 Study on the whole genome sequence similarity of species in Bacillus genus and its molacule phylogeny 摘要：利用高通量基因组测序技术，测定芽胞杆菌属90%以上种类标准菌株（160株）和中国不同生境采集的200株芽胞杆菌，绘制芽胞杆菌属种类全基因组精细图，分析基因组序列相似性，建立基因组核心基因（core genes）平均核苷酸一致性（ANI），分析ANI与DDH（DNA-DNA杂交）相关性，用ANI替代DDH，成为基于全基因组测序的芽胞杆菌种类鉴定黄金标准，建立基于ANI芽胞杆菌网络比对鉴定系统。分析芽胞杆菌生理分化（如嗜盐、嗜酸、嗜碱、嗜冷、嗜热特性等）基因组序列的保守基因簇，利用MLST（多位点序列分型），进行分子系统发育分析，提出芽胞杆菌属依据生理分化的系统进化亚属分类单元或分群。分析中国芽胞杆菌种类资源和生态进化，编制中国芽胞杆菌名录，为进一步挖掘我国芽胞杆菌功能基因和应用领域提供科学基础。 Abstract: This study will sequence 90% species of standard strains (160 strains) in Bacillus genus and Chinas collection of 200 strains of Bacillus strains from different habitats by using next-generation sequencing technology, to construct genome-wide fine figures, and to calculate average nucleotide identity (ANI) of core genes. Based on the correlations between ANI and DDH (DNA, DNA hybridization), it is possible that ANI can replace DDH as the standard for species identification,, Analysis of bacillus coli physiological differentiation (e.g., heavy salt, acid, alkali, psychrophilic, thermophilic characteristic, etc.) genome sequence of the gene cluster, conservative use of MLST (multi locus sequence classification), molecular phylogenetic analysis, put forward of bacillus coli based on the system evolution of physiological differentiation of subgenus classification unit or group. Analysis of bacillus coli species resources and ecological evolution in China, establishment of bacillus coli list in China, in order to further explore our gene of bacillus coli function and application field provide a scientific basis. （一）立项依据与研究内容（4000-8000字） 项目的立项依据（研究意义、国内外研究现状及发展动态分析，需结合科学研究发展趋势来论述科学意义；或结合国民经济和社会发展中迫切需要解决的关键科技问题来论述其应用前景。附主要参考文献目录）； 1.1研究意义 芽胞杆菌属（Bacillus）属，属于细菌界（Bacteria），厚壁菌门（Firmicutes），杆菌纲（Bacilli），芽胞杆菌目（Bacillales），芽胞杆菌科（Bacillaceae）（Yadav et al.，2011）。芽胞杆菌可产生抗逆性极强的内生芽胞来度过不利的生长条件（Logan et al.，2009），因此，分布在世界各地广泛，特别是极端环境如南极（Timmery et al.，2011）、火山（Kim et al.，2011）、沙漠（Koberl et al.，201