16S+rRNA基因克隆文库用于菌群分析的效能研究和评价.pdfVIP

第30卷第16期 第三军医大学学报 V01．30．No．16 MEDlCINAEMIUTARISTERTIAE 1549 2008年8月 ACTAACADEMlAE Aug．2008 文章编号2008)16一1549·04 箩．．氍 论著要 16S rI斟A基因克隆文库用于菌群分析的效能研究和评价 张守印1，郭学青2，李振军1，叶长芸1，赵爱兰1，徐建国1(1中国疾病预防控制中心传染病预防控制所，国家传染病预防 控制重点实验室，北京102206；2北京军区总医院263临床部检验科，北京lOll49) 摘要：目的建立16srRNA基因克隆文库进行菌群相对定鼍的方法，评价其对细菌的检测效率以及对混合菌群中 低含量细菌的分析能力。方法取脆弱类杆菌等9种细菌以相同及级差比例制备细菌悬液，分别用或不用，变溶菌素处理 后，用试剂盒提取核酸，16srRNA基凶通用引物进行PcR扩增、纯化、连接、克隆和测序，建上．16srRNA基凶克隆文库，将 序列与数据库进行比对分析。结果相同比例制备的菌悬液，加或小加变溶菌素提取的核酸，掺入的9种细菌均n，检出。 级差比例制备的菌悬液，加变溶菌素提取核酸，掺人的9种细菌均叮检出；不加变溶菌素提取核酸，数量少难裂解的革兰 阳性菌双歧杆菌未能检出。混合菌悬液中各种细菌的比例与文库反映的各种细菌的比例有数耸对应关系，但不是线性对 应关系。结论16srRNA基因序列分析是·种较好的细菌菌群分析方法，它町以同时检…多种细菌，并能对混合细菌标 本进行菌群相对定量，反映菌群中各种细菌的丰度，但不能准确定量菌群中各种细菌的数量。 关键词：16s rRNA基冈；序列分析；菌群分析 中图法分类号：Q785；R372 文献标识码：A EValuationof16S in bacterialnoramix rI矾A clone library by gene analyzing bacterial suspension ZHANG state L丑1)1)ratory Shou．yinl，GU0Xue—qin92，UZhen-junl，YEChang．yunl，ZHAOAi一1anl，XUJian—gu01(1Key forInfectiousI)iseasesPreventionand InstituteforCommunicableDise鼬esPreventionand Contml，National Control，ChinaCDC，Beijing Clinicof of 101149，Chi眦) 102206；2Department“LaboraloryMedicine，No．263Ge鹏耐Ho叩itaJBeijingMili呻Comm柚d，Beijing Tbevaluatethedetection of16SrRNA clone inrela“ve Abst豫ct：ObjectiVe emciency gene library MethodSInorderto