P—Quant Wiz：一种基于质谱的并行非标记定量软件.pdfVIP

CN43-1258／TP 计算机工程与科学 2009年第31卷第 11期 ISSN 1007—130X COMPUTER ENGINEERING SCIENCE V01．31，No．11，2009 文章编号：1007—130X(2009)11—0124—04 P-QuantWiz：一种基于质谱的并行非标记定量软件 P-QuantW iz：A Paralle1Label-FreeQuantification SoftwareBasedonMassSpectrometry 胡泽林 ．一，张云泉 ，王 靖I1，张先轶 ItU Ze-lint-一。ZHANG Yun-quan．-，WANGJingo-一，ZHANG Xian-yi· (1．中国科学院软件研究所并行计算实验室，北京 100190；2．中国科学院计算机科学国家重点实验室，北京 100190； 3．中国科学院研究生院，北京 100049) (1．LaboratoryofParallelComputing，InstituteofSoftware，ChineseAcademyofSciences。BeGing100190； 2．StateKeyLaboratoryofComputerScience，ChineseAacdemyofSciences，aeijing100190； 3．GraduateUniversily，ChnieseAacdemyofSciences。Beijing100049，ChinaJ 摘 要：本文设计并实现了基于质谱的非标记定量软件QuantWiz，通过改变肽段定量的顺序，提高了定量软件的时间 局部性和质谱数据缓存的命中次数。分析 了QuantWiz的多种数据并行策略，设计并实现 了按保留时间划分的并行定量 软件 p-QuantWiz。通过实验验证 p-QuantWiz具有良好的并行效率，当进程数为32时，并行效率为63％。 Abstract：A new label—freequantificationsoftwarebasedonmassspectrometry，namedQuantW iz，isdesignedandim- plementedinthispaper．Bychangingtheorderofpeptidequantification，thetimelocalityandmassspectrometrydatacache hitsofQuantW izareimproved．Thedataparallelstrategiesarealsoanalyzed，andtheparallelquantificationsoftwarecalled P-QuantWizbasedonretentiontimepartitioningisdesignedandimplemented．A lotofexperimentsshowthattheparallel— ism efficiencyisveryhigh，whenevertheprocessnumberis32，theparallelism efficiencyis63 ． 关键词：质谱；非标记定量；色谱峰；保留时间；并行化 Keywords：massspectrometry；label-freequantification；chromatographicpeaks；retentiontime；parallelization doi：10．3969／j．issn．1007—130X．2009．11．033 中图分类号：TP319 文献标识码：A 蛋白质的差异表达进行准确的定量分析，在重大疾病的蛋 1 引言 白质组学研究中扮演着非常重要的角色。 作为生命科学实