网络环境下生物计算建模三维可视化的研究.pdf

摘要 目前．科学计算在网络环境中的数据量变得越来越大，面对大型科学应用分粕存 储和异地共享的要求，科学家越来越需要在分析异地数据的过程中享受直观性与准确 性，由此引发了人们对网络环境下可视化的研究。生物计算数据的复杂性导致针对生 物信息的可视化研究的不断深入，但当前缺乏面向生物计算领域的可视化架构，幽此 针对异地生物计算数据设计网络三维可视化系统斗分必要。 首先，研究了系统总体架构，通过分析网络可视化系统的研究现状、研究目标与 系统需求，设计了面向生物计算的可视化体系结构。根据生物数据来源多样性的特点， 探讨基于Java3D的设计框架，研究了数据组织及存放格式、数据讨算与数据传输问 题、三维技术与Web应用的整合三个方西，在此基础上实琨了两种不同数据来濒的 三维构建，为更加复杂的生物计算的可视化实现打下了基础。 其次，针对生物计算的原始数据，根据DNA分子以及蛋白质分子的不同，抽象 出在计算机中的三维表示方法，实现三维建模。研究了网络环境下如侮异地调用熔始 数据以及司视化工具，制定了分子结构网络三维可视化系统的设计方案，实现丁网络 环境下的分子结构可视化模型，它与前端客户以及后端数据库的交互性都很强，用户 仅使用一台主流PC杌，不需要进行任何配置就能使用服务器端的可视化模块。 接着，提出了DNA虚拟试管的构想，即一种虚拟生物分子计算的模型，利用它 在计算机上能够可视化地模拟多种生物操作，如：熔解、杂交、PCR、连接、剪切、 凝胶电泳、探针等，搭建了网络环境下DNA虚拟试管的程序框架．实现-『连接、PCR、 凝胶电泳、探针等生物操作模块，并详细介绍了PCR模块的设计及其Java3D实现过 视化流程。 最后结合未来的网络环境特点，设计了网格环境下的DNA计算模型的可视化体 系结构。并展望了我们设计的分子结构可视化模型以及DNA虚拟试管模型作为网格 服务的使用流程。 论文的研究成果为完善网络可视化框架下的DNA虚拟试管打下了基础。 关键词：网络环境，三维可视化，生物计算，分子结构，DNA虚拟试管，PCR ABSTRACT amountofdatafromscientific becomesand Now．the Web computinglargerlarger¨1 of ofdistributedand tbr thethce collaborationthe environment．In requirements storage the scientific needto remotedataSClS and large applications，scientistsanalyze directly of inWeb itleadsto visualizationenvironmelltlhe study correctly．So comprehensive of dataleadstothe of infomlatinnvisualization study by biological biological complexity the visualizationarchitecturefor areahasalmostnotbeen