不同类型内含子的比较.pptVIP

核酶的分类 锤头结构(hammerhead structure)。锤头结构包含3个茎环区以及13个保守核苷酸构成的催化中心，可以由一条RNA链回折形成(图8-22a)，也可由底物链和催化链共同构成(图8-22b)，两种形式的锤头结构都可构成如图8-22c所示的空间结构，即酶的活性中心。事实上无论自我剪切型的核酶，或者酶与底物RNA之间，只要能形成锤头二级结构，并具备11～13nt的保守序列，就能在锤头结构GUN序列的3-端自动发生剪切反应。 核酶是一种金属离子依赖酶 金属离子的结作用： 特异的结构作用或参与活性部位的化学过程 促进RNA整体折叠 二价金属离子（Mg2+)与底物活性部位直接相互作用或参与过渡中间复合物的产生 8.6.1 核酶的发现 1982年Cech等研究原生动物嗜热四膜虫rRNA的转录后加工，发现rRNA的前体可以在鸟苷与镁离子存在下切除自身的内含子，将两个外显子拼接为成熟的rRNA分子，该反应不需要任何蛋白质类型的酶参与，因此Cech认为该rRNA前体具有催化功能，并将其命名为核酶(ribozyme). Cech和Altman因发现Ribozyme而获得1989年度诺贝尔化学奖。 1985年Cech等通过进一步研究，从切除的内含子中分离得到L19RNA，可参与如转核苷酸反应、水解反应、转磷酸反应等。L19RNA催化的转核苷酸反应如图8-21所示，可以看出，L19RNA既可从寡聚C切除核苷酸(图8-21①和②)，也可在寡聚C上添加核苷酸(图8-21③和④)，其催化过程具备酶的所有基本特征。 核酶作用的特点： 1，化学本质 RNA 2，底物 RNA 肽键α-葡聚糖分子酶 3，反应特异性 4，催化效率低 5，产物 Reactions catalyzed by RNA have the same features as those catalyzed by proteins, although the rate is slower. The Km gives the concentration of substrate required for half-maximum velocity; this is an inverse measure of the affinity of the enzyme for substrate. The turnover number gives the number of substrate molecules transformed in unit time by a single catalytic site. 8.6.3 核酶的结构 核酶的催化功能与其空间结构密切相关，已知有多种不同结构的核酶。例如，I型和II型自我剪接内含子、锤头型、RNaseP的Ml RNA、发夹型、丁型肝炎病毒(hepatitis delta virus, HDV)的基因组和反基因组等。锤头型、发夹型和HDV正负链核酶均能促使自身或底物RNA裂解，产生2, 3-环磷酸酯和5-OH 核酶的活性部位是暴露在分子表面的一段保守核苷酸区域，无论RNA分子形成的是二级或三级结构，都使得这个区域保持一种特定的分子环境，能使自身RNA分子断裂，或者使另一底物分子的磷酸二酯键断裂，或在切割一个磷酸二酯键的同时，形成另一个新的磷酸二酯键。核酶RNA与底物RNA之间的相互作用依赖于碱基配对，形成一种催化环境。 * * （ * * 内含子类型 细胞内定位 GU-AG,GC-AG,AU-AC 细胞核 I 类 细胞器，细菌，低等真核生物细胞核中 II 类 细胞器，细菌 双内含子 细胞器 tRNA前体中的内含子 细胞核 概念: ：1980年代初，发现原生动物四膜虫 (Tetruhymenu) 的rRNA内含子能够自我剪接(self splicing)，这一类内含子后被称作Ⅰ型内含子.后来在酵母菌的线粒体rRNA基因中也含有此类内含子. 发现过程为: 1980年,科学工作者将四膜虫rRNA基因克隆到质粒中，并与E.coli 的RNA聚合酶一起保温，发现转录产物除了有约400nt的rRNA内含子外，还有一些小片段。从凝胶中回收rRNA前体，在无蛋白质的条件下保温培养，单一的rRNA前体依然可形成片段更小的电泳条带，其中移动最快的是39nt的条带，测序发现，它相当于413nt的rRNA内含子中的片段。将四膜虫26S rRNA基因的一部分(第l个外显子303bp + 完整的内含子413bp + 第2个外显子624bp)克隆到含噬菌体SP6启动子的载体内，再转录该重