生物信息网格工作流中的多流水服务调度与多粒度副本创建.pdfVIP

小 型 微 型 计 算 机 系 统 2009年 4月 第 4期 JournalofChineseComputerSystems Vo1．30 No．4 2009 生物信息网格工作流中的多流水服务调度与多粒度副本创建 姜文超h，周艳红 ，陆 枫 。，刘 融 (华中科技大学 计算机科学与技术学院，湖北 武汉 430074) (生物信息学与分子成像湖北省重点实验室．湖北 武汉 430074) E—mail：myheartl12@sina．tom 摘 要 ：针对生物信息学应用 中不同实例之间数据不相关、实例各片段问数据部分依赖的特点，将流水线原理融合到工作流 中，同一流程 的不同实例分级并行执行，流程 间实例或片段流水执行，实现 了多级流水线效果，进而在实例或片段执行过程 中根 据资源空闲程度与任务执行状态实施动态多粒度副本创建机制，均衡系统 负载 ，提高资源利用率，有效降低 了整个应用流程的 执行时 间． 关 键 词 ：网格工作流 ；流水线 ；副本 ；服务调度 中图分类号 ：TP331 文献标识码：A 文 章 编 号 ：1000—1220(2009)O4—0594—07 M ulti—·pipeliningand M ulti—·replicaBasedServiceSchedulinginGrid W orkflow JIANGWen—chao一，ZHOU Yan—hong’～，LU Feng’～，LIU Rong’’。 (SchoolofComputerScienceandTechnology，HuazhongUniversityofScienceandTechnology，Wuhan430074，China) (HubeiBioinforvnatic5andMolecularImagingKeyLaboratory，Wuhan430074，China) Abstract：Toimprovetheserviceschedulingperformanceinheterogeneousbioinformaticsgridplatform ，anew strategywhich integratesmulti—pipelininganddynamicmulti—granularityreplicawithgridworkflow isproposed．Twoschedulingalgorithms， i．e．MP—gridWFandMPMR—gridWF。arediscussedrespectively．Theexperimentresultsindicatethatsignificantimprove— mentsareachievedinmultifariousscenariosandoptimalmakespancanbegained． Keywords：gridworkflow ；pipelining；replica；servicescheduling 1 引 言 的网格工作流调度算法 MP R—GridWF (Multi—pipelining ＆multi—replicabasedgridworkflow)．在监控模块发现资源 生物信息学应用具有数据量大、计算需求高、数据之 问相 性能差异超过给定阈值 ，实体的结束时间可有效提前时，在性 对独立的特点 1【]．一个完整应用需要基于不同模型的、具有不 能较高的资源上创建 尚未完成或正被等待 的任务的副本 ，当 同功能的多个模块共 同协调完成[2]，网格工作流成为解决该 且仅当其 中一个运行实体结束后 ，将结果数据 回传 、启动其后 类问题 的有效方案 ，如何对各流程进行资源分配、服务调度、 继任务粒，并 同时撤销其他未完成的实体副本．实验表明 状态监控、数据交接 ，使其高效、稳定地提供对外服务 ，并获得 MP—GridWF算法和 MP8 R—GridWF算法