核函数logistic回归模型在全基因组关联研究中的应用.pdfVIP

中华流行病学杂志2013年6月第34卷第6期 ChinJEpidemiol，June2013，Vo1．34，No．6 ·633 · · 基 石出理 论 与 方 法 - 核函数logistic回归模型在全基因组 关联研究中的应用 沃红梅 易洪刚 潘红星 唐少文 赵杨 陈峰 【导读】 探讨基于基因水平的核函数logistic回归模型及其在全基因组关联研究中的应用。 以全基因组关联研究模拟数据为例 ，介绍核函数logistic回归模型在基因水平检测遗传变异与复 杂性疾病之间关联的分析策略。模拟结果表明，在所有已知基因检验结果中致病位点所在基因假 设检验的P值最小。结果提示基于基因水平的核函数logistic回归模型能够充分提取和综合基因 中多个遗传突变位点信息，降低统计学检验的自由度，同时还能够控制多种协变量因素和交互作 用 ，在检测致病基因与疾病关联时具有一定的效能。 【关键词】 核函数；Logistic回归；全基因组关联研究 Application ofgene--based logistickernel-·machineregression modelon studiesrelated to the genome—wideassociation WO Hong—mei，YIHong-gang ，PAN Hong-xing，TANG Shao—wen，ZHAO ， CHEN ．1Departmentof印idemiologyandBiostatistics，SchoolofPublicHealth，Nanjing Medica2University，Na ng2l1166，China；2 JiangsuP inciafCenterforDiseaseControland Prevention Correspondingauthor：CHEN ，Email：fengchen@njmu．edu．ca ThisWOrkwassupposedbygrantsfromtheNationalNaturalScieliceFoundationofChina (No 30901232)，NaturalScienceFoundationofHigherEducationInstitutionsofJiangsuProvince (No．10KJA330034)，5pecializedResearchFundfortheDoctoral ramofHigherEducationofChina (No．20113234110002)andthePr0tyAcademicProgramDevelopmentofJiangsuHigherEducation Institutions． I【ntroduction】 Toexplorethegene—basedlogistickernel-machineregressionmodelandits application in genome-wideassociation sutdy (GW S)．Usingthesimulatedgenome—widesingle— nucleotidepolymorphism (SNPs)genotypesdata，weproposedapracticalsattisticalanalysisstrategy— named ht‘e1ogistickerne1．machineregressionmodel’．basedonhtegenelevelstoassesshteassociation betweengeneticvariationsandcomplexdiseases．Theresultsfrom simulationshowedthatthePvalueof genesinrelateddiseaseswasthesmallestamongallthegenes．Theresultsofsimulationnidicatedthat notonlyitcouldborrow informationrfom differentSNPsthatweregroupedingenesandreducinghte degreeofrfeedom throughhypohtesistesting，butcouldalsonic