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2008年伞围高性能计算学术年会
GROMACS一分子动力学模拟并行计算的研究与实现
陈文波张洋刘 鑫李廉
(兰州大学通信网络中心甘肃兰州730000)
edu
cnj
(hpc@lzu
摘要：随着生物化学研究领域的应用对速度和 andIBMPE a 5nanosecondssimulation
Through
内存资源需求的增高，并行计算已经成为解决该 resultsand
system，thecomputing parallel
问题的有效手段．．与并行计算相结合的分子模拟， were and thus
efficiencyanalyzedcompared，and
已经作为一种研究探索手段被许多科研工作者广 a rellerencein research
providestrong drugdesign
为使用 本文利用一个最为有效的分子动力学软 words：Molecular
Key Dynamics，Parallel
件GROMACS，在几种不同的并行环境
LAM／MPI、MPICH2、IBMPE中买现了 TBMPE
GROMACS的并行计算．．通过时长为5纳秒的模
拟体系，分别对计算结果和并行效率进行了分析
和比较，从而为利用该软件进行药物设计研究提
供了有力的参考。 并行计算是指同时使用多种计算资源解决计
GROMACS
关键词：分子模拟 并行计算 算问题的过程，即将一个应用分解成多个子任务，
T，AM，MPTMPTCH2
TBMPE 分配给不同的处理器，各个处理器之间相互协同，
并行的执行子任务为执行并行计算，计算资源
GRoMACS．TheResearchand 应包括多台配有多处理机(并行处理)的计算机、
ofParallel 一个与计算机相连的高速网络两者结合使用。并
Implementation
in 行计算的主要目的是快速解决大型且复杂的计算
Molecular
Computing Dynamics
Simulations 问题或提高求解问题的规模，同时也可以克服单
CHENWen—BoZHANGLIUXinLILian 个计算机上存在的存储器限制。分子动力学计算
Yang
(CommunicateandNetwork Zhou
Center,LAN 机模拟是研究分子动力学的有力T具。这一技术
Zhou，730000)
University,LAN 既能得到原子的运动轨迹，还能像做实验一样作
Abstract：Withthe in the 各种观察它是列理论和实验的有力补充，特别是
rapiddevelopment
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