棕头鸥线粒体基因组全序列测定与分析.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2012 11 , 34(11): 1434―1446 ISSN 0253-9772 研究报告 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.01434 棕头鸥线粒体基因组全序列测定与分析 1 1 2 1 杨超 , 汪青雄 , 黄原 , 肖红 1. , 710032; 2. , 710062 基于长距 PCR 扩增及保守引物步移法测定并注释了棕头鸥(Larus brunnicephalus) 的线粒体基因组全序 列。结果表明, 棕头鸥线粒体基因组全长 16 769 bp, GenBank 登录号 JX155863 。基因含量和排列次序与红原 鸡一致, 包含 13 个蛋白编码基因、22 个tRNA 、2 个rRNA 和一个D-loop 区(控制区) 。除COI 基因以 GTG 、 ND3 基因以ATT 为起始密码子外, 其余 11 个蛋白质编码基因均以ATG 起始。11 个蛋白质编码基因以典型的 完全终止密码子AGG 、TAG 、TAA 或AGA 终止, COIII 和ND4 基因为不完全终止密码子T 。预测了22 个tRNA 基因的二级结构, 发现tRNASer ( AGN ) 缺少DHU 臂, tRNAPhe 的TψC 臂出现第4 种排列形式。预测的棕头鸥 12S 和16S rRNA 二级结构分别包括4 个结构域47 个茎环和6 个结构域60 个茎环。其他鸟类控制区发现的F-box 、 E-box 、D-box 、C-box 、B-box 、Bird similarity-box 和CSB-boxes (1-3)也存在于棕头鸥中, 预测了控制区H 链复 制起始序列OH 和双向复制起始序列LSP/HSP 。系统发育分析支持将棕头鸥划归为面具鸥族(Masked gulls) 。 棕头鸥; 线粒体基因组; RNA 二级结构; 控制区结构 Analysis of the complete mitochondrial genome sequence of Larus brunnicephalus (Aves, Laridae) YANG Chao 1, WANG Qing-Xiong 1, HUANG Yuan 2 , XIAO Hong1 1. Shaanxi Institute of Zoology, Xi’an 710032, China; 2. School of Life Sciences, Shaanxi Normal University, Xi’an 710062, China Abstract: The complete sequence of mitochondrial genome of Larus brunnicephalus was determined using long PCR and conserved primers walking approaches. The results showed that the entire mitochondrial genome of L. brunnicephalus is 16,769 bp in length, which has been deposited in GenBank with the accession number JX155863. The mitochondrial genomic organization and gene order of L. brunnicephalus were consistent with that of Gallus gallus, which contains 13 protein coding genes (PCGs), 22 tRNA, 2 rRNA, and a control region. Except for COI gene using GTG and ND