水稻线粒体渗透性转换孔相关基因家族系统发育的研究.pdfVIP

水稻线粒体渗透性转换孔相关基因家族的 系统发育研究1 夏春皎，刘学群，王春台 中南民族大学生命科学学院生物技术国家民委重点实验室，武汉（430074 ） E-mail ：chuntaiwang@ 摘 要：本文运用比较基因组及分子进化的方法从序列水平进行了水稻线粒体渗透性转换孔 （PTP ）相关基因家族ant 、vdac 的表达模式和潜在功能的分析。通过生物信息学分析，鉴 定出水稻基因组具有3 个完整的ant 基因和 8 个完整的vdac 基因以及一个尚未经过实验证 实的vdac 嵌合基因。对水稻、玉米和拟南芥的9 个ant 基因进行的系统发育分析结果表明： 在动物中直接参与Cyp-D 对ANT 的构象调控的第61 位氨基酸在最大的Cluster I 为异亮氨 酸（I ，Ile ），而在相应的哺乳动物中该位点为Pro （Pro61 ），其余的ant 基因在此位点则 不同。分别来自水稻、玉米和拟南芥的16 个vdac 基因被分成明显的3 个簇，只有簇3（VDAC Cluster 3 ）是水稻特有的，包括两个成员：第一染色体9.6 Mb 处和第3 染色体11.7 Mb 的 vdac 。对水稻vdac 和ant 进行正选择位点鉴定的结果表明：ant 在PS67 ，PS202 ，PS253 几 个位点具有显著性正选择，而vdac 没有。对PTP 相关基因家族ant 、vdac 的表达模式和系 统发育的初步研究，为深入进行植物MPT 及其相关功能的研究提供了一定的基础。 关键词：水稻，线粒体渗透性转换孔，vdac ，ant ，系统发育 中图分类号：S311 1. 引 言 基因扩增在高等植物中非常普遍。拟南芥全基因组的25,498 个预测基因由 11,000 个基 因家族组成，其中由五个以上基因组成的基因家族占了全部基因的37.4%[1] 。而在水稻全基 因组的 37,544 个预测的蛋白质编码基因（去除了转座元件类基因）里，21%属于多基因家 族[2] 。如果具有同源性的基因的分歧是由物种形成（Speciation ）造成的被称为直系同源 （Orthologous ）；如果它们分歧是由基因复制造成的则被称为并系同源（Paralogous ）。同 一基因家族的成员命运是多样性的：有的能够保持与祖先相同的功能，其他的成员则可能响 应新的不同的刺激获得新功能。因此，在确定了某个感兴趣的基因家族后，还需要对其进行 进化分析，即系统发育研究(Phylogenetics) 。由于后基因组时代已经存在大量序列信息，并 且获得新的序列信息也十分方便，系统发育分析已经成为分子生物学实验的指导和补充。在 进行实验之前对相关基因进行各种生物信息学的分析，大大减少实验的盲目性，进而可以提 高实验的成功率，缩短实验周期。 线粒体渗透性转换孔（PTP ）的开放可迅速提高线粒体内膜对中、低分子量化合物的渗 [3] 。MPT 是一个复杂的过 透性，这种渗透性改变的过程被称为线粒体渗透性转换（MPT ） 程，受到多种诱导因子、调节因子、和抑制因子的调控。目前，对哺乳动物线粒体 PTP 研 究得较为清楚，普遍认为，哺乳动物线粒体 PTP 是一个定位在内外膜接触位点的跨线粒体 双层膜的超分子复合物，由外膜上的电压依赖性阴离子通道（VDAC ）、内膜上的腺苷酸转 运蛋白(ANT)和基质中的亲环蛋白D (CyP-D)这3 类蛋白质组成了这个复合体的核心[4] 。迄 今为止，人们对植物 MPT 与哺乳动物中经典的MPT 无论是结构还是功能上存在的差异还 缺乏深入研究。杨玖英等初步证明水稻中也存在 MPT[5] 。由于位于内外膜上的两类主要构 1本课题得到国家“973 ”计划（“农作物杂种优势及其利用的分子基础”的子课题“细胞质雄性不育与育 性恢复的分子机理”，批准号2001CB108806 ）的资助。 -1-