2010-蛋白质序列分析和结构预测.docVIP

蛋白质序列分析和结构预测 【实验目的】 1、掌握蛋白质序列检索的操作方法； 2熟悉蛋白质基本性质分析； 3熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测； 4了解蛋白质结构预测。 实验内容 1、使用Entrez信息查询系统检索人 (leptin)蛋白质序列； 2使用上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成等基本性质分析； 3对瘦素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析； 4对瘦素蛋白质序列进行motif结构分析 【实验瘦素蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址/Entrez（）选择protein（）在输入栏输入homo sapiens （）点击后显示序列接受号及序列名称（）点击序列接受号后显示序列详细信息（）将序列转为FASTA格式保存2、进入EXPASY网站使用有关软件进行蛋白质序列分析和结构预测。 （1）选择Protparam程序对蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和等基本性质分析 （2）蛋白质的同源性分析使用软件对瘦素蛋白质进行基本性质分析同源性分析motif结构分析预测实验1、瘦素蛋白质序列的检索： （1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez)（）选择protein（）在输入栏输入homo sapiens （）点击go后显示序列接受号及序列名称（）点击序列接受号后显示序列详细信息（）将序列转为FASTA格式保存2、进入EXPASY网站 http://www.expasy.ch/tools/ 使用有关软件进行蛋白质序列分析和结构预测。 （1）使用DNA—Protein中的translate将已知的leptin的mRNA序列翻译为蛋白质序列 （2）选择Protparam程序对蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和等基本性质分析： （3）蛋白质的同源性分析BlastP对选择蛋白质序列进行同源性搜索 2）在EXPASY下使用BlastX程序选择mRNA序列进行翻译后在蛋白质数据库进行同源性搜索 （4）在Pattern and profile searches中选择interPro Scan进行结构域或motif搜索以及有关结构域的结构分析 （5）在post-translational modification prediction 选择signalP对蛋白质序列进行信号肽预测分析 gigb|AAH69452.1| Leptin [Homo sapiens] MHWGTLCGFLWLWPYLFYVQAVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSSKQKVTGLDFIPGLHPIL TLSKMDQTLAVYQQILTSMPSRNVIQISNDLENLRDLLHVLAFSKSCHLPWASGLETLDSLGGVLEASGY STEVVALSRLQGSLQDMLWQLDLSPGC gi|4557715|ref|NP_000221.1| leptin precursor [Homo sapiens] MHWGTLCGFLWLWPYLFYVQAVPIQKVQDDTKTLIKTIVTRINDISHTQSVSSKQKVTGLDFIPGLHPIL TLSKMDQTLAVYQQILTSMPSRNVIQISNDLENLRDLLHVLAFSKSCHLPWASGLETLDSLGGVLEASGY STEVVALSRLQGSLQDMLWQLDLSPGC gi|169790920|ref|NM_000230.2| Homo sapiens leptin (LEP), mRNA GTAGGAATCGCAGCGCCAGCGGTTGCAAGGCCCAAGAAGCCCATCCTGGGAAGGAAAATGCATTGGGGAA CCCTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGGCCCTATCTTTTCTATGTCCAAGCTGTGCCCATCCAAAAAGTCCA AGATGACACCAAAACCCTCATCAAGACAATTGTCACCAGGATCAATGACATTTCACACACGCAGTCAGTC TCCTCCAAACAGAAAGTCACCGGTTTGGACTTCATTCCTGGGCTCCACCCCATCCTGACCTTATCCAAGA TGGACCAGACACTGGCAGTCTACCAACAGATCCTCACCAGTATGCCTTCCAGAAACGTGATCCAAATATC CAACGACCTGGAGAACCTCCGGGATCTTCTTCACGTGCTGGCCTTCTCTAAGAGCTGCCACTTGCCCTGG GCCAGTGGCCTGGAG