水稻瘤矮病毒基因组S8片段的克隆及生物信息学分析.pdfVIP

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2017-09-02 发布于重庆
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水稻瘤矮病毒基因组S8片段的克隆及生物信息学分析.pdf

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业生物技术学报 Journal of Agricultural Biotechnology 2005,13 (5): 679~683 ·研究论文· 水稻瘤矮病毒基因组片段全序列测定及其结构分析* 1,2 1 1 1 范国成吴祖建 ** 林奇英谢联辉 ( 1.福建农林大学植物病毒研究所，福州350002 ；2.福建省农业科学院果树研究所，福州 3500 13) 邾：摘要应用RT-PCR 技术克隆了水稻瘤矮病毒( , RGDV) 中国广东信宜分离物(RGDV-C)的基因组片段，并测定了全序列。结果表明RGDV-C 基因组片段全长 1578 bp(GenBank 登 No.AY216767) ，含有一个ORF ，编码一个含有426 个氨基酸的外层衣壳蛋白，基因结构与泰国的RGDV 分离物基本一致，核苷酸和推导的氨基酸序列同源性分别为 96.0%和99.1% ，与植物呼肠孤病毒属( ) 的三叶草伤瘤病毒( , WTV)和水稻矮缩病毒( 从、反向重复序列、病毒 , RDV)各分离物的核苷酸同源性分别为56.8%和55.3%~56.0%。编码的外层衣壳蛋白亲缘关系粒体被严格限制于薄壁细胞以及致瘤特性来看，RGDV 与WTV 比RGDV 与RDV 具有更近的亲缘关系。邾：；基因组片段；序列分析关键词水稻瘤矮病毒 Complete Sequence Determination and Structure Analysis of Genome Segment of 1, 2 1 1 1 FAN Guo-Cheng WU Zu-Jian ** LIN Qi-Ying XIE Lian-Hui 邾 The full-length cDNA of sequence of Xinyi isolate (RGDV-C) which encodes the viral outer capsid protein was cloned and its complete nucleotide sequence was determined. The results showed that sequence had 1578 nu- cleotides (GenBank accession No. AY2 16767) with a large open reading frame encoding a protein of 426 amino acids. The S8 se- quence had the same genomic organization as that of RGDV thailand isolate (RGDV-T) sharing 96.0% nucleotide and 99.1% amino