PCR-SSCP技术的研究进展.pdfVIP

·10 · 《上海畜牧兽医通讯》　2002 年第 4 期 PCR - SSCP 技术的研究进展 1 2 欧阳建华 　黄建安 ( 1. 湖南农业大学动物科技学院 　2. 湖南农业大学食品科技学院 　长沙 　410128 ) ( 　　基因单核苷酸多态性 Single Nucleotide Polymor 被 SSCP 检出。 phism , SNP) 是指基因组中单个核苷酸变异引起的 2 　PCR - SSCP 的操作过程 DNA 序列多态性 ,包括单碱基的转换、颠换、插入及缺 2. 1 　扩增引物的设计 失等形式 ,它是继第一代作图用分子标记 - RFL P 、第 从许多资料看 , PCR - SSCP 适合于检测小片段的 二代作图用分子标记 - 微卫星标记之后的第三代作图 DNA 片段 ,其片段长度要求低于 500bp , 因为 DNA 过 用分子标记 ,也是目前广泛应用于分析分子种群生物 长 ,单链形成稳定的发夹结构的机会较少。当片段为 学特征、遗传性疾病检测及特定功能基因或片段的分 200bp 时 ,单个碱基突变的检出率高于 90 % , 当片段为 ( 型等。用于检测 SNP 的方法较多 ,包括直接测序 Di 400bp 时 , 单个碱基突变的检出率为 80 % 以上, 随着 ) ( rect sequencing 、以构象为基础的方法 Conformation - DNA 片段的长度加大 ,其检出率逐渐降低。因而实验 ) ( ) based techniques 、变性高压液相色谱法 DHPLC 、错配 中要检测大片段的碱基突变时 ,可将目的序列扩增为 ( ) 的化学切割 CCM 及酶学法等 ,其中以构象为基础的 重叠的小片段或将扩增后的大片段进行酶切成小片 ( ) 方法又包括单链构象多态性 SSCP 、异源双链分析 段。哺乳动物基因组中外显子的长度多小于 300 个核 ( ) ( ) HA 及变性梯度凝胶电泳 D GGE 。本文详细介绍了 苷酸 ,因而一般情况下不用额外的预处理即可直接进 ( ) 单链构象多态性 SSCP 的原理、方法及其研究进展。 行 PCR - SSCP 分析。另外 ,在设计引物时还应注意以 1 　PCR - SSCP 技术原理 下几点 : ①引物长度以 20～30bp 为宜 ; ②引物之间不能 自1986 年 Kanazawa 等人证明 ,可以根据 DNA 常 有互补序列包括上下游引物之间和同一引物之内均不 链在非变性 PA GE 的泳动行为探测点突变以来 ,经 Ori 能有互补 ; ③引物中 G + C 比例应达 50 %～60 % ; ④上 ( ) ta 等人的发展与完善 ,逐渐成为一种成熟的探测点突 下游引物退火温度 一般 要保持一致 ; ⑤引物与扩增 变的方法。由于该方法具有快速、简便、灵敏度高及适 片段中间区域的互补率要低 ; ⑥引物所扩增的目的基