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分子科学与工程信息学（化学信息学） 尹秋响 龚俊波 结晶中心 TelEmail：qxyin@tju.edu.cn 教学参考书目 陈明旦. 化学信息学，2005，化学工业出版社； 〔德〕Johann Gasteiger，梁逸曾〔译〕. 化学信息学教程，2005，化学工业出版社； 王正烈 等. 化学化工文献检索与利用，2004，化学工业出版社； 邵学广 等. 化学信息学，2001，科学出版社； 董慧茹 等. 化学化工信息检索基础知识和检索工具，2005，化学工业出版社。 第一章 前 言 1.1 化学的研究领域 1.2 化学家的基本问题 1.3 化学信息学的范畴 1.4 化学信息学的学习 1.5 化学信息学的历史 * 化学信息学是一门应用信息学方法来解决化学问 题的学科。属化学、化工与信息科学、计算机科 学的交叉。 化学是研究化合物、化合物性质和化合物转化的学科 化合物 化学反应 化学的静态 化学的动态 化合物研究 化学反应研究 薛定谔方程求解？ 量子力学方法求解？ 太复杂了！ 实验 模型 预测 归纳式学习 化学信息学进入我们时代的契机…… 只适用于小分子和最简单反应的计算 找出共 同特征 合理推理 验证 证实 化学家的主要任务是合成和创造出具有理想性能 的化合物。 化学研究的基本任务之一是确定化合物结构－性质 或结构－活性之间的关系。 （Q）SPR （Q）SAR 性质 结构 化学研究的基本任务之二是进行合成设计和化学 反应规划。 合成设计或 反应规划 目标结构 起始物 化学研究的基本任务之三是进行结构解析。 结构解析 反应 产物 化学信息学进入我们时代的原因…… 上述任务如仅靠量子化学方法来解决就太复杂了！ 美国科学院国家研究委员会下属的化学科学与技术委员会研究报告（2003年3月），《分子科学前沿——化学与化学工程面临的挑战》：13项挑战： （1） 如何应用具有高选择性的简便合成路线与工艺来合成和制造出具有科学意义和实用价值的新物质。包括新药和新材料在内的此类新物质将在全新的水平上造福人类。 （2） 开发用于保护公众免受恐怖主义、突发事故、犯罪活动及疾病袭击的新材料和测量器件。这方面的重要目标是开发对病原体、剧毒化学品和隐蔽爆炸物的快速和实用的检测方法及检测器件。 （3）在不同时间标度上和各种分子尺寸范围内了解和控制分子间反应进程，并据此设计新的化学反应和生产工艺。 （4） 设计和制造具有预期特性并可在制造前即对其性能进行调控和优化的新物质、新材料和分子器件。 （5） 深入了解生命体系的化学特性。了解种类繁多的不同蛋白质、核酸和生物小分子如何组装成具有确定化学功能的复杂系统，明确了解活细胞中各种组份间的化学相互作用。用化学语汇解释生命过程的本质仍是未来时期的最大挑战，对人类思维和记忆活动背后的化学过程的了解则是最令人兴奋的挑战性课题。 （6） 开发新药和新的治疗方法，用于目前尚无法治疗的各类疾病。 （7） 在复杂体系和材料的合成及制造中应用自组装技术。合理设计的化学组份的混合物能自动生成复杂的组合体系，其结构可从纳米尺度至宏观尺度，此过程与生物组装甚为相似。将这一方法从实验室转移到实用的生产领域，会导致化工过程发生革命性变革。 （8） 深入了解包括陆地、海洋、大气层和生物圈在内的地球化学现象的复杂性，据此创造出处理环境污染和应付对地球构成威胁的诸多因素的新方法，以保护地球为人类所提供的可居住家园。 （9） 通过能源生产、储存和传输的新途径来开发价格低廉和取之不尽的新能源，探寻真实的可持续发展道路。现时的能源生产和应用方式正消耗着有限的自然资源，同时产生着困扰人类的环境问题。利用不同方法生产的氢气为原料的燃料电池显现出令人兴奋的前景，并形成了令人鼓舞的以氢气为能量来源的“氢经济”模式。社会和经济的发展将有望摆脱对存量有限的矿物燃料的依赖。 （10） 设计和开发能自我优化的仿生化学系统。这方面的进展将推动生物系统通过体内化学体系的自我优化得到进化，并可利用优化了的内部化学系统来制造性能优异的新物质，并得到已分离和鉴别了的纯物质，而不是多种物质所构成的混合物。自我优化系统的获得可帮助化学家制造新药、新型催化剂和其他的重要化学品。 （11） 推进化工工艺设计的革命性发展，以便得到安全、简便、能源高效利用、环境友善的化工产品，并实现快速商品化。绿色化学在过去十年中已经取得了巨大进展，但为了持续满足人类对化学品的需求，必须致力开发对地球完全无害的化工新工艺。 （12） 如何有效地与公众交流和沟通，使公众充分了解化学和化工对社会的杰出贡献。化学家和化学工程师必须学会如何有效地与公众进行直接或间接的沟通，使公众了解化学家和