基于WGCNA算法的基因共表达网络构建理论及其R软件实现.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2013年，第32卷，第1期，第135-141页 GenomicsandAppliedBiology,2013,Vol.32,No.1,135-141 评述与展望 ReviewandProgress 基于WGCNA算法的基因共表达网络构建理论及其R软件实现 1* 2 1 宋长新 雷萍 王婷 1青海师范大学计算机学院,青海,810008深圳市水质检测中心;2 ,深圳,518000 *通讯作者,scx@ 摘 要 WGCNA(weightedgeneco-expre算法是一种构建基因共表达网络的典型系 统生物学算法，该算法基于高通量的基因信使RNA(mRNA)表达芯片数据，被广泛应用于国际生物医学领 域。本文旨在介绍WGCNA的基本数理原理，并依托R软件包WGNCA以实例的方式介绍其应用。WGCNA 算法首先假定基因网络服从无尺度分布，并定义基因共表达相关矩阵、基因网络形成的邻接函数，然后计算 不同节点的相异系数，并据此构建分层聚类树(hierarchica，该聚类树的不同lclusteringtree)分支代表不同的 基因模块(module)，模块内基因共表达程度高，而分数不同模块的基因共表达程度低。最后，探索模块与特定 表型或疾病的关联关系，最终达到鉴定疾病治疗的靶点基因、基因网络的目的。 关键词 WGCNA算法,基因共表达网络,R软件 GeneCo-expre andImplementationinRSoftware 1* 2 1 SongChangxinLeiPingWangTing *Correspondingauthor,scx@ DOI:10.3969/gab.032.000135 Abstract WGCNA(weightedgeneco-expre co-expressionnetworkidentificatio filesandbeingwidelyusedintheinternationa oryanditsimplementatio beforeconductin sionandadjacencyfunction.Secondly,thedissimilarit thenhierarchica ousmodules.Thereismuchhigherco-expre entmodules.Atlast,itiscriticaltoconnectthemodule targetgenesfordiseasetreatment. Keywords WGCNA,Geneco-expressionnetwork,Rsoftware 基因共表达网络(geneco-expre分ssionnetwork) 加权基因共表达网络构建 析致力于寻找协同表达的基因模块(module)，并探索 算法作为一种高效、准确的生物信息学、 ssionnetwork) 基因网络与研究者关注的表型之间的关联关系。它 生物数据挖掘方法，理论不断完善，应用日渐广泛。 基于高通量的微阵列技术(microarra，应用基因表y) 首先，在理论研究上，Zhang和Horvath(2005)学者 达芯片得到实验数据，从转录组(mRNA)水平探索基 于2005年在发表了第一篇理论分析文章，截至到 因网与疾病或者研究者关注的性状之间的关联关 2012年5月，已有12篇WGCNA相关的文章先后发 系，因此应用于复杂疾病的易感基因鉴定、新药开发 表在生物信息、系统生物学领域权威期刊上，如BMC 、 和 等生物医学研究领域。 Bioinformatics PloS Computational Biology Bioin－ 基金项目：本研究由青海省135高层次人才培养基金资助 基因组学与应用生物学 136 GenomicsandAppliedBiology 达网络中的基因表达形式相似、而不同基因共表达 formatics 等。2008年，基于该研究方法理论，Langfelder 和Horvath(2008)编写并发布了W