Tup1突变对转录抑制局部网络中基因表达的非线性影响.pdf

第 7卷 第 4期 生 物 信 息 学 V01．7 No．4 2009年 12月 ChinaJournalofBioinformatics Dec．，2OO9 Tupl突变对转录抑制局部网络中基因 表达的非线性影响 丛建国 ，王志伟 ，任德华 ，张治洲 。 (1．泰达 BIO—X系统生物技术研究中心，天津 3000457；2．计算机科学与信息工程学院，天滓科技大学，天津 300457； 3．哈尔滨工业大学 BIO—X海洋生物技术研究中心，威海 264209) 摘要：研究基因网络的非线性行为特征是研制基因网络技术的基础。Tupl基因是酵母中作用最为广泛的转录抑制因子之一， 利用酵母生物信息学数据库中蛋 白相互作用关系，构建一个 以Tupl为中心，4个层次741个基因的局部基因网络。统计分析 六张Tupl不同突变的基因表达芯片数据，将局部基因网络中的全部基因按照3个网络特征进行统计分析：必需、非必需基 因、网络层次和网络节点，并研究这些特征与基因表达之间的关系。初步发现基因表达变化的强度与节点数 目成一定的反比 关系，必需基因的平均变化程度较非必需基因为低，且由Tupl突变引发的其他基因的表达变化在以Tupl为中心的局部基因 网络中近层次网络变化程度较大，远层次网络变化程度较低。 关键词 ：局部基 因网络；基 因表达变化 ；非线性 ；Tupl基 因 中图分类号：Q754 文献标识码 ：A 文章编号：1672—5565(2009)一04—272—05 Nonlinearresponsesinatranscriptionalrepressionlocalgene networkinducedbyTuplgenemutations CONGJan—guo，WANGZhi—wei，RENDe—hua2，ZHANGZhi—zhou， (，．TedaBOI—XCenterfor ￡ Boitechnology，tianjin 300457，China；2． ofComputerScienceandInformationEngineering， TianjinUniversityofScienceandTechnology，Tianfin 300457，China；3． 一XCenterforMarineBoitechnalogy， HarbinInstituteoftechmdogy．Weihai 2自f209，hCina) Abstract：Characterizationofthenon—linearityofgenenetworkisabasisfordevelopmentofgenenetworktechnology．Tupl，aglobaltran- scriptional repressorofSaeeharomyeeseerevisiae，wasusedtoconstructafour—layer，Tupl—centeredlocalgenenetworkwith741genesinfl— inlybytheirprotein——interactions．ExpressionchangesofeverygeneinDNA micmarraydatabasedonTupldeletionandfivepointmumfiom wereanalyzedstatisticallyusingparameters ofgeneessentiality，newtorklayernadnodenumber．ItWas preliminarilyobservedthatthechange sereofgeneexpressionwasdisprot~rtionaltonodenumbers；theaveragechangescaleofessentialgenesWas smallerhtna non—essential genes；Tuplmutationinduced