基因调控网络数据分析方法的研究.pdfVIP

第 23卷 第 2 期 周口师范学院学报 2006年 3 月 Vo l. 23 No. 2 Jou rnal of Zhoukou Norm al U n iversity M ar. 2006 基因调控网络数据分析方法研究 1 1, 2 曹祥红 , 崔光照 ( 1. 郑州轻工业学院 电气信息工程学院 , 河南 郑州 450002; 2. 华中科技大学 控制科学与工程系 , 湖北 武汉 430074) 摘 　要 : DNA 微阵列技术获得了大量的基因表达数据 ,为基因调控网络的研究提供了技术支持 ,基因表达数 据分析成为 目前生物信息学研究的热点和重点. 利用数学模型和人工智能技术 ,研究分析基因表达数据之间 的关系 ,构建合适的基因调控网络模型来模拟生物系统的行为 ,从中发现生物学规律 ,进而认识生命现象的本 质 ,成为了生物信息学研究的重要内容. 本文介绍了基因调控网络构建中常用的基因表达数据分析方法以及 最新的研究进展. 关键词 :基因调控网络 ;聚类分析 ;统计学 ;随机作图;基因回路 ;系统生物学 中图分类号 : TN 9 11. 72　　文献标识码 : 　A 　　文章编号 : 　167 1 - 9476 (2006) 02 - 0089 - 06 随着人类基因组计划的实施 ,通过基因组测序 、蛋白质序列测定结构解析等实验以及 DNA 微芯片技 术的应用 ,分子生物学家提供了大量的基因组数据 ,并已载入公共数据库. 一系列由基因组数据所不能说 明的问题也随之被提了出来 ,如基因表达的产物是否出现 ,何时出现 ;基因表达产物的定量程度是多少 ;是 否存在翻译后的修饰过程 ,若存在是如何修饰的;基因敲除或基因过度表达的影响是什么 ; 多基因差异表 达与表现型关系如何等等 [ 1 ] . 上述问题的实质是 ,知道了核酸序列和基因 ,人们依然不知道它们是如何发挥功能的 , 即它们是如何 按照特定的时间、空间进行基因表达的 ,表达量有多少 ,基因相互之间在表达时的调控关系如何 ? 为了解 释和理解这些数据 ,需要利用现代计算技术对这些原始数据进行收集 、整理 、管理以便于检索使用. 还需要 对数据进行比对 、分析 ,建立计算模型 ,进行仿真 、预测与验证. 此种情况下生物信息学应运而生. 生物信息 学是综合运用生物学 、信息学 、数学以及计算机科学等诸多学科的理论和方法处理和分析大规模复杂生物 信息的交叉学科. 如何利用数学模型和人工智能技术 ,研究分析基因组数据之间的关系 ,解读生物遗传密 码 ,从中发现生物学规律 ,进而认识生命的本质 ,是人类基因组计划所面临的新挑战 ,也是生物信息学所面 临的问题 [ 2 ] . 基因以及基因产物并非是单独起作用的 ,而是参与在复杂的、相互联系的通路 、网络和分子系统中. 它 们的相互作用 、相互影响 ,从而产生了细胞 、组织 、器官和有机体的机理 [ 3 ] . 也即生命信息的各基因并不是 孤立地发挥作用 ,而是通过形成 “基因网络 ”这样一个复杂系统来推动演化的 ,基因表达和调控过程可看 作是由它们之间的调控网络所决定的. 确认这些系统和它们的特性及相互作用对于理解其生物系统如何 运行具有决定性意义 ,也是生物信息的重要研究内容. 一些科学家已经开始利用系统学的手段来研究基因 调控网络 ,并且也取得了较好的效果 [ 4 ] . 1　基因调控网络数据分析方法 基因表达数据之中隐含基因之间的相互作用关系 ,因而可以通过分析基因表达数据 ,构建基因调控网 收稿 日期 : 2005 - 10 - 12 ( ) 基金项 目: 国家自然科学基金资助项 目 No: ( ) 作者简介 :曹祥红 1972 - ,河南南阳人 ,郑州轻工业学院电气信息工程学院硕士研究生 ,研究方向为智能信息和信号处 ( ) 理 ;崔光照 1958 - ,男 ,河南洛宁人