水稻蛋白质组学的研究进展.docVIP

水稻蛋白质组学研究进展 姓名：王琳 学号：D08038 导师：梁建生教授 摘要：蛋白质组学研究是功能基因组研究的重要手段。本文简述了蛋白质组学研究的背景、内容、意义及方法；详述了蛋白质组学在水稻组织器官的发育、亚细胞水平结构，逆境胁迫、激素诱导和突变体的形成等方面的应用研究；同时列出当前日益丰富的水稻蛋白质组数据库，并对水稻蛋白质组学研究进行了展望。 关键词：水稻；蛋白质组学；双向电泳；质谱；生物信息学 1 蛋白质组学研究的历史和背景 核酸与蛋白质是构成生物体的主要大分子。2001年二月和同年六月分别公布了人类基因组框架图和序列图谱，宣告了一个新的纪元—后基因组(即功能基因组)时代的到来[1－2]。生命科学家越来越关注如何用基因组研究的模式开展蛋白质组学的研究。 蛋白质组（proteome）一词是由澳大利亚科学家Wilkins 于1994年提出来。它源于蛋白质（protein）与 基因组（genome）两个词的杂合，意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”,即包括一种细胞、组织或完整生物体，构成了功能基因组学研究的战略制高点。图像分析μmol/L赤霉素处理不同时间后的蛋白经2D分离和计算机图像分析,看到33个蛋白发生变化,其中21个蛋白点表达增强,12个蛋白表达减弱,说明赤霉素处理水稻叶鞘起码有30多个基因的产物与之相关。对其中的钙网蛋白(Calreticulin)进行了深入分析,发现它有2个不同等电点(PI)蛋白点,随赤霉素处理时间增加,PI 4.0的蛋白点逐渐消失,而PI 4.1蛋白点浓度则逐渐增加。由此说明钙网蛋白在赤霉素信号传递调节叶鞘伸长中是一个重要组分。Rakwal和Komatsu[39]用外源茉莉酸(Jasmonic acid)处理水稻的幼苗组织,通过2D分析发现在水稻的茎和叶中诱导了新蛋白质。对蛋白质点进行Ｎ-端和内部测序及免疫杂交分析,发现茎中有28ｋＤ的蛋白酶抑制剂(BBPIN)和酸性的与病理有关的17ｋＤ蛋白质(PR-1)。免疫杂交分析表明茉莉酸处理后这些蛋白质的表达具有组织特异性和发育阶段特异性,说明外源茉莉酸处理可以引起与植物自我防御机制有关的基因在茎、叶组织中的特异性表达。 4.6 水稻突变体的蛋白质组学研究 突变体研究是植物遗传学的重要研究手段之一,应用蛋白质组学的方法对基因突变引起的蛋白质表达变化进行研究可以揭示一些植物生理生态过程的机制。Komatsu[40]等比较了水稻绿苗和白化苗的蛋白质2D图谱,发现了在绿苗中参与光合作用的蛋白质,而白化苗中仅有此蛋白质前体。而抗坏血酸过氧化物酶只在白化苗中存在,说明抗氧化酶在白化苗中起细胞保护功能。王玉忠等【41】对温敏失绿突变体水稻失绿前后的双向电泳图谱比较表明，失绿部分某蛋白P1特异缺失，而在复绿后，P1正常表达，推测该蛋白与叶绿素代谢密切相关。谢锦云等【42】 对不育和可育花药样品通过双向电泳分离，肽质量指纹谱分析及数据库检索，从不育到可育图谱上，明显上调的蛋白质包括几丁质酶，酸性磷酸酶，谷蛋白前体等，明显下调的蛋白有谷氨酸氨甲酰转移酶等。Tsunezuka等【43】对一种cdr2突变体的3个病斑形成阶段用双向电泳分离。与野生型相比，有37个蛋白点差异表达，其中28个点在突变体中表达上调，9个点表达下调。通过质谱鉴定，差异表达的蛋白点与防御作用相关。此外有27个蛋白为代谢酶类，暗示该突变体发生的细胞程序化死亡与活跃的代谢有关。 4.7 水稻蛋白质组学生物信息学的发展 随着水稻蛋白质组学以及生物信息学的发展，水稻蛋白质组学相关的数据库得到不断地充实完善。水稻蛋白质组学研究相关的主要网站有:SWISS-2DPAGE数据库中国镜像站点（/ch2d/），该数据库提供双向电泳参考图谱及在线检索软件等；水稻蛋白质组数据库Rice Proteome Database （http://gene64.dna.affre.go.jp/rpd/）。这为蛋白质组学研究的深入开展提供了良好的条件。 5 结论与展望? 作为一门新兴的学科，对探讨重大疾病的机理、疾病诊断、疾病防治和新药开发将提供重要的理论基础。发展高通量、高灵敏度、高准确性的研究技术平台是现在乃至相当一段时间内蛋白质组学研究中的主要任务。各种方法间的整合和互补，以适应不同蛋白质的不同特征。 Wilkins M R，Williams K L，Appel R D，et a1．Proteome research：new frontiers in functional genomics[M]．Germany：Springer，1997． [4] 甄朱.蛋白质组学进展[Ｊ]. 生物工程学报,2001,17(5):491～493. [5] 张晓勤, 王慧中. 水稻蛋白质组学研究进展.