化学生物学 第八章+化学物质与核酸相互作用.pptVIP

2，与rRNA作用的小分子化合物 小分子化合物与核糖体16S A位点的结合研究，有助于阐明特定基团静电作用、氢键作用对小分子结合RNA亲和力的影响规律。 同蛋白质相比，RNA上的结合位点是亲水的和相对开放的。小分子结合特定靶RNA形成相对刚性结构取决于构象、电荷分布、芳香性、氢键。恰当位置的正电荷是很重要的，同样，长距离的静电作用使分子以正确的方向结合到口袋中。在核苷酸碱基暴露的结构中，芳香基的堆积力对相互作用有很大贡献。 在众多的抗生素中，核糖霉素（Ribostamycin）、巴龙霉素（Paromomycin）和利维霉素（Lividomycin）可与原核rRNA的A位点亚结构域形成特定的复合物；而安普霉素（Apramycin）对原核亚结构域的强结合依赖于1408位点，其它抗生素的结合位点标在图中。 RNA结构和序列的多样性表明RNA是具有高亲和性和特异性的靶点，小分子化合物可以作为基因研究的工具，特别是细胞内它们的作用方面。 但是，要实现这一目标还有许多重要工作要做。合成化合物特异识别RNA三维形状的规律还有待发展，最佳RNA靶的鉴别方法还需完善，先导化合物的设计合成、筛选、临床前研究和临床研究都有漫长的路要走。 影响RNA功能的各种化合物的结构 随着基因组计划的完成，生物信息学的迅猛发展，分子进化理论和研究方法的不断完善，组合化学技术，以及药物高通量筛选技术的建立都为结合