益生菌LactobacilluscaseiZhang全基因组序列的测定及比较.docVIP

附件2 论文中英文摘要格式 作者姓名：张文羿 论文题目：益生菌Lactobacillus casei Zhang全基因组序列的测定及比较分析 作者简介：张文羿，男，1981年4月出生，2010年7月师从于内蒙古农业大学张和平教授，于2010年6月获博士学位。 中 文 摘 要 益生菌L. casei Zhang是由采自中国内蒙古地区的自然发酵酸马奶样品中分离出的众多乳酸菌中筛选而来。它对酸和胆盐都具有较高的抗性，并且具有抗菌、抗氧化和免疫调节等益生特性。为了深入系统地了解L. casei Zhang益生特性的遗传基础，本研究采用全基因组鸟枪法测定了该菌株的全基因组序列并进行了比较基因组分析。 测序结果表明，L. casei Zhang染色体基因组为环状分子，平均G+C含量为46.5%，染色体的长度为2,861,848 bp，分析得到了2804个CDSs，CDS区域总长占染色体基因组的85%。通过序列比对和结构域鉴定，2,572个CDSs可以被赋予潜在的生物学功能。L. casei Zhang基因组含有5个rRNA操纵子和59个tRNA基因。此外，L. casei Zhang基因组编码41个插入序列，与L. casei ATCC334相比数量较少（仅为30%），可以推测L. casei Zhang基因组中由插入序列介导的水平基因转移事件发生概率较低。 L. casei Zhang与L. casei ATCC334和L. casei BL23菌株基因组染色体在具有L. casei Zhang中85%的蛋白在其它两株L. casei中是非常保守的，仅有78%的蛋白在其它乳杆菌中是保守的。同L. casei ATCC334基因组相比，L. casei Zhang 多出25个大于3 kb的片段(最大插入片段为40 kb)，这些区段的G+C含量从37.5%到47%不等.不同插入片段之间G+C含量的显著差异也许可以表明部分插入片段是由水平基因转移事件而来。这些区段共编码287个基因，约合60%的基因可以归入已知的蛋白直系同源簇，归入代谢这一簇的基因数目最多，占31.97%,共为55个，属于其它同源簇，如无机盐转运和代谢、重组和修复、以及转录调控家族的基因分别有17、17和15个。进一步分析显示，这些插入片段编码一些与碳水化合物利用和胞外多糖合成相关的操纵子或者基因簇。 与L. casei ATCC334和L. casei BL23类似，L. casei Zhang编码相对完整的生物合成途径，除亮氨酸，异亮氨酸，缬氨酸之外，可自身合成几乎所有的氨基酸L. casei Zhang 中三个编码基因与蛋白水解酶相关，分属两种不同类型的细胞壁蛋白酶：PrtR （LCAZH_0497，LCAZH_0498）和PrtP（LCAZH_2241）。此外，L. casei Zhang编码肽类转运子（Opp和Opt）。与此同时，L. casei Zhang中有25个编码基因是和肽酶相关的。通常，蛋白水解系统是由三部分组成：位于细胞壁上的蛋白酶，细胞膜中的肽类转运子和细胞内蛋白酶。乳蛋白水解为寡聚细胞膜上的肽转运子pp和Opt，将寡聚多肽由细胞外转运到细胞内多肽最终水解为氨基酸L. casei Zhang也许可利用蛋白水解系统从富含蛋白的环境中摄取部分种类的氨基酸。 L. casei Zhang已被证明能够利用多种碳水化合物，如：核糖、葡萄糖、甘露糖、甘露醇、果糖、半乳糖、蔗糖、麦芽糖、蕈糖、山梨醇，且可以弱发酵七叶苷、水杨苷，甘露醇以及肌醇产酸。作为兼性异型发酵乳杆菌家族的一员，L. casei Zhang主要通过糖酵解途径利用糖类生成丙酮酸盐，之后再由乳酸盐脱氢酶还原为乳酸盐。与其它已知L. casei基因组中观察到的现象一致，L. casei Zhang编码所有糖酵解途径主要功能酶类，同时伴有乳酸盐脱氢酶编码冗余现象（8个拷贝）。后续分析结果也确证了L. casei Zhang代谢糖类多样性的遗传学基础，基因组编码有大量依赖磷酸稀醇式丙酮酸-糖类磷酸转移酶系统(phosphotransferase system, PTS)蛋白质L. casei Zhang 基因组中编码有丰富的PTS相关蛋白，大约有96个与多种糖类相关的PTS型糖类转运蛋白，共编码31个完整的具有潜在功能PTS基因复合体。根据转运蛋白数据库，这些成员可归属为七个PTS家族,显示出相对广泛的底物特异性。每个PTS基因复合体均由EIIA, EIIB, EIIC组成，甘露糖家族也包括EIID组分。在L. casei Zhang 基因组中这几个家族成员的分布情况为：葡萄糖=果糖=甘露糖(6)乳糖(5)半乳糖醇(4)抗坏血酸盐抗坏血酸盐L. casei Zhang 基因组中半乳糖醇,抗坏血酸盐L.