草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术的研究.pdfVIP

中国农业科学 2008,41(7):1983-1988 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2008.07.014 草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术研究 1 2 2 2 杨洪一 ，李丽丽 ，代红艳 ，张志宏 1 2 （东北林业大学生命科学学院，哈尔滨150040； 沈阳农业大学园艺学院，沈阳110161） 摘要： 【目的】明确草莓斑驳病毒（Strawberry mottle virus，SMoV）的分子变异特点；探索利用嵌套PCR 和转录增强技术检测SMoV的方法。【方法】利用RT-PCR 扩增SMoV 3′非编码区（non-coding region，NCR）和 大外壳蛋白（large coat protein，LCP）基因特异片段，并对扩增产物进行克隆测序。利用生物信息学软件分析 不同地区分离物变异特点及系统发育关系。参考测序结果，在SMoV基因组保守区设计引物，利用嵌套PCR和转录 增强技术检测 SMoV。【结果】获得了 SMoV 中国分离物的 NCR 区和部分 LCP 基因核酸序列，不同分离物部分 LCP 基因核酸序列同源性为76.8%～99.7%。系统进化分析显示不同分离物呈现轻微的地理相关性。3个波兰分离物，4 个中国分离物中的3个，7个荷兰分离物中的4个分别聚集成一簇；2个德国分离物与其它分离物亲缘关系较远， 形成一个独立的分支。建立了利用半嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV 的技术体系，灵敏度高于常规PCR。【结 论】SMoV不同分离物变异复杂，德国分离物可能是一个代表特殊株系的群体；基于定位基因组保守区引物，利用 嵌套PCR和转录增强技术可有效检测SMoV。 关键词：草莓斑驳病毒；RT-PCR；嵌套PCR；变异；系统进化分析 Studies on Molecular Variations and PCR Detection of Strawberry Mottle Virus 1 2 2 2 YANG Hong-yi , LI Li-li , DAI Hong-yan , ZHANG Zhi-hong 1 2 ( College of Life Sciences, Northeast Forestry University, Harbin 150040; College of Horticulture, Shenyang Agricultural University, Shenyang 110161) Abstract: 【Objective 】The study was conducted to analyze the characterization of molecular variation of Strawberry mottle virus (SMoV) and develop SMoV detection methods by nested PCR and transcriptional enha