乳酸菌基因芯片应用的研究进展.pdfVIP

中国生物工程杂志 　Ch ina B iotechno logy, 2009 , 29 ( 6) : 113 ～119 综 　　述 乳酸菌基因芯片应用研究进展 1 1 1 2 1 包秋华 　孙志宏 　乌日娜 　孟 　和 　张和平 ( 1 内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室 内蒙古农业大学食品科学与工程学院　呼和浩特 　0 100 18) (2 上海交通大学农业与生物学院　上海 　200240) 摘要 　基因芯片技术是上世纪 90年代兴起的一种对成百上千甚至上万个基因同时进行检测的新 技术 ,具有高通量 、并行化的特点 ,广泛应用于基因表达谱测定 、基因功能预测 、基因突变检测和 多态性分析等方面 。多种乳酸菌基因组全序列以及其大量 EST、16 S rDNA 、16 S23 S基因间区和 功能基因序列测定的完成 ,有力地推动了基因芯片技术在乳酸菌研究中的应用 。介绍了基因芯 片的基本原理及乳酸菌基因芯片在基因表达 、种属鉴定等研究中的应用进展 , 以期更好地利用和 开发乳酸菌基因芯片 。 关键词 　乳酸菌 　基因芯片 　基因表达 　种属鉴定 中图分类号 　Q 819 ( ) 　　乳酸菌 lactic acid bacteria, LAB 是一群革兰氏染 代 ”研究海量基因信息的重要分析工具 ,在基因表达谱 色呈阳性 ,发酵碳水化合物以乳酸为主要代谢产物的 测定、发现新基因、预测基因功能、多态性分析 、检测微 各类兼性厌氧细菌的统称 。乳酸菌广泛应用于发酵乳 生物种类 、突变检测 、基因组文库作图及杂交测序等方 制品、发酵肉制品、发酵蔬菜制品、发酵谷物和豆类及 面广泛应用 。乳酸菌基因组的测序和基因芯片技术的 青贮饲料 ,用于生产乳酸 、天然防腐剂和胞外多糖 , 用 结合使人们对乳酸菌细胞代谢网络调控体系 、环境胁 作人和动物的益生菌 、口服疫苗的载体 、构建工程菌生 迫机制 、复杂环境中的种属鉴定等方面的深入研究成 产药物等 。乳酸菌和人类生活密切相关 , 因此对乳酸 为现实 [ 1～6 ] 。 菌的认识和研究十分重要 。 　　下面就乳酸菌基因芯片的原理和种类 、全基因组 　　随着分子生物学理论和技术的发展 ,人们开始利 的商业化芯片的开发现状 、基因芯片在乳酸菌基因表 用分子生物学技术针对乳酸菌的一些 目标功能基因进 达 、鉴定等几个主要领域的应用作一介绍 。 行研究和分析 。但由于这些方法和技术往往以单个基 因或是一些相对简单的代谢途径为 目标 , 能够分析的 1　基因芯片的原理 、乳酸菌基因芯片的分 数据信息量很少 , 因此在乳酸菌的功能和作用机理等 类和特点 方面还有待于采用新的技术手段作进一步的分析研 ( ) ( 　　基 因芯片 gene ch ip 又称 DNA 微 阵列 DNA 究 。随着人类基因组计划的完成以及生物信息学的迅 m icroarray) ,是采用原位合成或直接点样的方法将 DNA 速发展 , 由于基因芯片可实现微量化 、大规模 、并行化 片段或寡核苷酸片段排列在滤膜 、硅片 、玻璃等介质上 和高度 自动化处