C组轮状病毒主要基因全片段扩增及武汉地方株Wu82的VP6和VP7编码基因序列分析.pdfVIP

维普资讯 2007，23 (12) 中 国 人 兽 共 患 病 学 报 ChineseJournalofZoonoses 1167 文章编号：1002—2694(2007)12—1167～05 C组轮状病毒主要基因全片段扩增及武汉地方株 Wu82的VP6和 VP7编码基因序列分析* 王远虹 。，周 璇 ，小林宣道。，朱泽荣 ，刘满清 ，杨 占秋。 摘 要：目的 建立c组轮状病毒VP6、VP7、VP4和NSP4基因全片段扩增方法；明确武汉地方株Wu82与其他毒株的 系统发生关系。腹泻患者大便。方法 PAGE筛查病毒；设计 9对引物 RT—PCR扩增 VP6、VP7、VP4和NSP4基因；VP6、 VP7序列及亲水位点分析 。结果 Wu82VP6和 VP7基 因核酸序列与其它人 C组轮状病毒相 比同源性分别为 98．45 ～ 97．12 和 99．34 ～94．83 。结论 C组轮状病毒基因非常保守，进化缓慢。2001年武汉地方株Wu82与 1995年武汉地 方株 208株相比．VP7和VP6抗原表位存在差异。 关键词 ：轮状病毒 ；C组；基 因；序列测定；进化分析 ；亲水性分析 中图分类号：R373．9 文献标识码 ：A Amplification oftheentirefragmentofgroupC rotavirusgenesandthesequence analysisonVP6andVP7genesinthefieldstrainW u一82 isolated in W uhanarea WANG Yuan-hong，ZHOU Xuan，KOBAYASHINobumichi，ZHU Ze-rong，UU Man-qing，YANG Zhan-qiu (WuhanCentersforDiseasesPreventionContro1．Wuhan430022．China) ABSTRACT：ToestablishamethodtoamplifytheentirefragmentofgenesVP6，VP7，VP4andNSP4from groupCrota— virus．InordertodefinethephylogeneticrelationsamongthefieldstrainW u-82andotherviralstrains，4362stoolspecimens from patientswithdiarrheainallageswerecollectedduringtwoperiodsoftime，from Dec2000toApr2003andfrom Nov2003 toFeb2007．ThepresenceofrotavirusesinStOOlspecimenswasdeterminedbydetectionofthedsRNA fragmentofrotavirus bypolyacrylamidegelelectrophoresis，andtheentirefragmentsofVP7，VP6，VP4andnsp4geneswereamplifiedbyRT—PCR with9pairsofspecificprimers．Nucleicacidsequencedataandhydrophilicityanalysisofthededucedaminoacidswereanalyzed usingtheGeneWorkssoftwarepackageandtheMEGA4program．ItwasdemonstratedthattheVP6andVP7genesfromW 82strainwerequiteconservedwithfew mutations，andthephylogeneticrelationoftheVP6genefrom W u-82strainwascloser totheNigerianstrainJajeriandSpanishstrainBCN6，whereastheVP7geneofthisstrainwasclosertoJapanesestrainE-93 andColumbiastrainJaveriana．ThesequenceofthededucedaminoacidsofVP6a