表达序列标签数据库搜索克隆斑马鱼QM基因及数字化差异显示分析.pdfVIP

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2017-08-30 发布于安徽
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表达序列标签数据库搜索克隆斑马鱼QM基因及数字化差异显示分析.pdf

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　第 29 卷第 5 期水　产　学　报 Vol. 29 , No. 5 　 2005 年 10 月　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 Oct. , 2005 　 JOURNAL OF FISHERIES OF CHINA ( ) 文章编号 : 1000 - 0615 2005 05 - 0599 - 07 表达序列标签数据库搜索克隆斑马鱼 QM 基因及其数字化差异显示分析金红建 , 　邵健忠 , 　项黎新 (浙江大学生命科学学院 ,浙江杭州　310012) 摘要 : QM 基因是一种与肿瘤抑制、细胞生长、分化、发育和凋亡等有关的重要基因 , 已在人类及许多物种中得到了克隆 ,但鱼类中尚无报道。我们利用表达序列标签数据库和电子克隆等技术 , 成功克隆了斑马鱼 QM 基因, 并对该基因的结构进行了系统分析。结果显示 , 斑马鱼 QM 基因 cDNA 全长 769 bp , 含 648 bp 开放阅读框 ( ) 架 ,编码 215 个氨基酸 ,5 ’UTR 25 bp , 3 ’UTR 122 bp , 所编码的 QM 多肽分子量 24 . 6 kDa , 等电点 pI 10. 6 ,含潜在的蛋白酶 C 磷酸化位点、N - 酰基化位点和酰胺化位点。比较斑马鱼QM 和人等 13 个物种 QM 的同源性, 发现其氨基酸序列相似性为 66 %～92 % 。数字化差异显示分析结果表明, QM 基因在斑马鱼胚胎及成体多种组织中均有广泛表达。研究结果为今后利用生物信息学快速克隆新的鱼类功能基因打下了方法学基础, 也为进一步研究鱼类 QM 基因功能提供了依据。关键词 :斑马鱼; QM 基因; 表达序列标签; 电子克隆; 数字化差异显示分析中图分类号:S917 　　　文献标识码 :A In silico cloning and digital differential display analysis of Danio rerio QM gene by EST database searching JIN Hongjian , SHAO Jian zhong , XIANG Lixin ( ) College of Life Science , Zhejiang University , Hangzhou 　310012 , China Abstract : QM homologs , associated with tumor suppression , cell growth , differentiation , development and apoptosis , were isolated from human and many other organisms. However ,