HIV检测基因芯片的研制和应用评价.pdfVIP

分子诊断与治疗杂志 2010年 1月第2卷第 1期 JMolDiagnTher,January2010，Vo1．2No．1 · 论 著 · HIV检测基因芯片的研制和应用评价 朱京京 汪圣强 谢晓谦 ’钱盼盼 高杰 胡守旺。 f摘 要】 目的 研制用于HIV检测的基因芯片，并评价其在临床诊断和出人境检疫中的应用价 值。 方法 针对HIV-1gags基因相对保守区域，设计检测探针，并设计内标和对照探针 ，制备HIV检测微阵 列基因芯片；设计引物 ，以l：20引物比例不对称扩增HIV基因靶标，Cy3荧光标记扩增产物，作为杂交模板。 Cy3荧光标记PCR扩增产物与微阵列探针杂交反应，结果经荧光扫描，并用分型软件分析判断阳性探针和样 本HIV阴阳性。采用信号放大、梯度临界值技术，增加了检测的灵敏度和特异性。采用70例临床样本实样检 测与DNAO~jl序作对照，评价试剂盒的性能和应用价值。 结果 70例样本，采用本试剂盒与DNA测序并行 检测 ，两者符合率为98．57％。 结论 本HIV检测基因芯片试剂盒具有高通量 、操作简便、低成本 、准确度好 等优点，应用研究表明，在临床HIV诊断检测和出入境检测方面具有很高的应用价值。 [关键词】HIV；检测；基因芯片；DNA~．q序；应用评价 The preparation and application evaluation ofDNA microarray genechip kitforHIV detection ZHUJingjing ，WANGShengqiang，XIEXiaoqian，QIANPanpan，GAOJie，HUShouwang (1．WuxiEntry—ExitInspectionandQuarantineBureau，Jiangsu，Wuxi214101，China；2．DaAnGeneDiagnostic CenterofSunYat-senUniversity,Guangdong，Guangzhou510665，China) A【BSTRCT】 Objective TodevelopaDNAmicroarraykitforHIV detection，andtoevaluatethe application value in clinicaldiagnosisand entry-exitinspection and quarantine． Methods The specific oligonucleotideprobesofrHIV-1gagsregionandinteriorlabelorcomparisonprobesweredesignedandspotted onglassslidesusingamicroarrayspo~er．DNA samplewerebyamplifiedasymmetricPCR ofrHIV gagsgene andtheproductsofPCR werelabeledwiththefluorescentdyeCy3．TheasymmetricPCRprimerconcentration ratiowasl：20．FollowinghybridizationbetweentheCy3一labeledPCR productsandtheoligonucleotideprobes ofeachmicroarrayontheslidesandwash，theamountofprobehybridizingtoeachDNA samplewasmeasured withamicroarrayscannerandtheimagewasanalyzedwithacomputersoftware，whichwasusedtoidentifythe positiveprobesandtodeterminetheHIV oneachsample． Results Therewasagoodconcordancebetween the genotyping resultsby oligonucleotide microarray and those ofSBT．70 sampleswere tested and the coincidenceratewas98．57％ ． Conclusion Theproceduredescribedherehasthepotentialo