羟乙基纤维素聚丙烯酰胺共混物在DNA测序的研究中应用.pdfVIP

羟乙基纤维素/聚丙烯酰胺共混物在DNA 测序研究中 的应用1 杨润苗，周丹，王延梅 中国科学技术大学高分子科学与工程系，合肥 (230026) E-mail: wangyanm@ M v 摘 要：利用合成的中等分子量的线形聚丙烯酰胺(LPA ， =3.3 MD)和羟乙基纤维素(HEC) 构成的共混聚合物网络对标准 DNA 样品 BigDye Teminator V 3.1 进行测序研究。研究了 LPA/HEC 的比例、温度、电压等对分离效果的影响。实验证明该聚合物网络同时具有LPA 对DNA 优良的筛分性能和HEC 对毛细管内壁动态涂覆的能力。用2.5% w/v 的这种介质在 没有对软件系统优化的情况下，73 min 内对标准DNA 的读写长度可达900 个碱基。 关键词：毛细管电泳 DNA 测序 分离度 中图分类号：Q523 1．引言 高分子量的线形聚丙烯酰胺(LPA)不仅具有良好的亲水性，而且具有优异的筛分性能， 因此是目前DNA测序技术中应用最为广泛的介质[1] 。但聚丙烯酰胺不能稳定地吸附在毛细管 [2]，这就要求在分离之前必须对毛细管内壁进行改性处理。一种 壁上以消除电渗流（EOF ） 方法就是通过化学衍生的方法在毛细管内壁形成一层聚合物涂层，涂层分子以共价键的方式 结合在毛细管内壁上。这种方法制作比较复杂，涂层的使用条件也较为苛刻，使用寿命短。 另一种方法就是通过高分子溶液与毛细管内壁之间的物理吸附作用，在毛细管内壁形成比较 [3] 稳定的涂层来抑制电渗流以及DNA片断在内表面上的吸附 。 一般来说聚丙烯酰胺的分子量越大，对大分子的DNA分离效果越好。但随着LPA分子量 的增大，一定浓度下其粘度也迅速升高，导致灌胶困难。因此通过降低分子量来控制LPA 的 粘度，然后与其他具有自涂覆功能的聚合物共混来提高DNA分离效果成为一种简单易行的 方法[4] 。本文以较低分子量的LPA和HEC 的共混物为DNA测序介质，通过改变LPA与HEC 的 比率和测序温度，研究了这种具有很强亲水性和优秀的毛细管涂覆能力的新型聚合物网络对 DNA测序的影响。 2 ．实验部分 2.1 主要试剂 表1 化学试剂 Tab.1 Chemicals 试剂名称 规格 来源 羟乙基纤维素(HEC) 工业品 Dow 化学品有限公司 三羟甲基氨基甲烷- 碱(Tris(hydroxyl- methyl) 99.9% Sigma aminomethane-Base，Tris-Base) 丙烯酰胺(AM) CP 中国医药(集团)上海化学试剂公司 尿素(Urea) AR Aldrich 乙二胺四乙酸(ethylenediaminetetraacetic acid，EDTA) AR Aldrich 1本课题得到高等学校博士学科点专项科研基金（项目编号：20070358029 ）和国家自然科学基金(基金号： 50773074)的资助。 - 1 - N- 三〔( 羟甲基) 甲基〕-3- 氨基丙磺酸(N-tris