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一个基于OpenGL 的分子建模系统的设计与实现 姚继锋 中科院软件所并行软件研究与开发中心 摘 要 和一般的可视化系统相比，分子建模系统具有更多的交互式操作。本文根据 OpenGL 的特点，设计了一个基于状态机的层次式的分子建模系统。系统分为数据表达和数据操作两 个部分，通过用户图形界面将它们有机的联系在一起。事实证明，这种结构易于继承和扩展， 且具有一定的普遍意义。 关键词：分子建模，可视化，OpenGL The Design and Implement of a Molecule-Building System Based on OpenGL Yao Jifeng The Rearch Development Center for Parallel Software, ISCAS Abstract Comparing to a normal visualization system, a molecule-building system has more interactive operations. This paper presents a molecule-building system based on state machine and hiberarchy, which uses OpenGL as the graphics library. The system contains two parts, one for drawing the data and the other for editing the data, which are connected by the GUI. It has been proved that this structure is easy for using and extending. Key Words ：Molecule-building ，Visualization，OpenGL 1. 前言 近年来，随着材料科学和生命科学的蓬勃发展，分子模拟系统在科研和生产中起着越来 越重要的作用。从新材料、新药物的设计，到基因、病毒等生物大分子的分析研究以及化工 反应的控制，利用分子模拟系统来观察、研究材料原子水平的微观结构已成为主要的研究手 段之一[1]。国外有许多优秀的分子模拟软件，如RosMol，Chime，VMD 以及Cerius 等。它 们大多具备三维显示分子结构的功能，并支持分子模拟过程的动态演示，但其中具有完备的 分子建模系统的，却只有 Cerius 等少数商业软件。它们一般价格昂贵，只能运行于高档的 图形工作站，且科研人员无法对模拟算法进行改进或补充。鉴于此，中科院软件所并行软件 研发中心与中科院化学所高分子研究室、中科院物理所表面物理实验室等科研部门从 1999 年底开始合作开发可扩展材料科学模拟软件SMSP （Scalable Materials Simulation Package）。 SMSP 是面向大规模并行计算的分子模拟系统，它采用Client-Server 结构实现计算和可 视化系统的分离：Server 端运行于具有强大计算能力的计算服务器（如曙光并行机、 PC-Cluster 等）；Client 端运行于具有一定绘图能力的 PC 机或工作站。分子建模系统即是 Client 端软件的主要内容。SMSP 的分子建模系统充分吸收了已有分子建模系统的优点，针 对SMSP 的特点，进行了精心的设计。和同类软件相比，SMSP 的建模系统具有更好的移植 性和可扩展性，同时多种加速技术的采用使得它还具有更强的表达能力。 SMSP 采用OpenGL 作为系统底层的图形支持。OpenGL 是国际上公认的3D 图形工业 标准，它效率高，移植性好，而且具有一定的交互操作能力[2] 。和通常的可视化系统相比， 分子建模系统具有更多的用户交互操作，如何组织、处理这些操作，是设计一个分子建模系 统的主要难点之一。我们根据OpenGL 的特