基于次生特征提取方法预测蛋白质同源寡聚体.pdfVIP

第29卷 第 1期 北京生物医学工程 Vo1．29 No．1 2010年 2月 BeijingBiomedicalEngineering February 2010 基于次生特征提取方法预测蛋白质同源寡聚体 李启鹏 张绍武 潘泉 陈伟 摘 要 寡聚蛋 白质相对于单体蛋白质具有许多优势，广泛地参与多种生命活动。本文提出次生 特征提取方法，使用支持向量机作为分类器，采用 “一对一”的多类分类策略，基于蛋 白质一级序列提 取特征方法，对 四类同源寡聚体进行分类研究。结果表明，在 Jackknife检验下，基于次生特征和氨基 酸组成成分特征构成 的特征集 ，加权情况下，其总分类精度最高达到了78．41％，比氨基酸组成成分特 征提高13．09％，比参考文献最好特征集BG提高了6．86％，比最好原生特征集 CM1提高了5．53％。此 结果说明次生特征提取方法对于蛋 白质同源寡聚体分类是一种非常有效的特征提取方法。