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第卷第期 计 算 机 学 报
３３ ４
Ｖｏｌ．３３Ｎｏ．４
年月
２０１０４ Ａｒ．２０１０
ＣＨＩＮＥＳＥＪＯＵＲＮＡＬＯＦＣＯＭＰＵＴＥＲＳ ｐ
序列中基于适应性后缀树的重复体识别算法
犇犖犃
霍红卫 王小武
（西安电子科技大学计算机学院西安 ）
７１００７１
摘要现有的在 序列中识别重复体的算法多数是基于比对的，对识别速度和吞吐量有很大的限制针对这
ＤＮＡ ．
，
个问题文中根据一个平衡重复体的长度和频率的定义提出了一种基于 后缀树的快速识别重复体的
Ｕｋｋｏｎｅｎ
算法算法采用最低限制频率，最大程度地扩展了重复体的长度，同时为了进一步地提高 算
ＲｅＳｅｅｋｅｒ ． ＲｅＳｅｅｋｅｒ
ｐ ｐ
法的效率，对 的后缀树构造算法进行了适应性改进，在构造时加入 算法所需的结点信息并将
Ｕｋｋｏｎｅｎ ＲｅＳｅｅｋｅｒ
ｐ
，
叶子结点和分支结点加以区分从而使得 算法能通过直接读取结点信息来求得子串频率和子串位置
ＲｅＳｅｅｋｅｒ ．
ｐ
这种改进较大地提高了 算法的性能，而且空间开销不大实验中使用了 中的条典型 序列
ＲｅＳｅｅｋｅｒ ． ＮＣＢＩ ９ ＤＮＡ
ｐ
作为测试数据并对后缀树改进前后的重复体识别算法做了比较分析结果表明 在没有损失精度的情
， ，
． ＲｅＳｅｅｋｅｒ
ｐ
况下缩短了算法的运行时间实验结果与理论上的分析一致
．
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