基于网络拓扑生物网络关键节点识别与研究进展.pdf

第4l卷第7期 数学的实践与认识 Vd．41．No．7 IN AND 2011年4月 MATHEMATICSPRACTICETHEORy Apr．，2011 ，””’”””。’、 ；应 用i ～。。tt。。‘‘t···， 基于网络拓扑的生物网络关键节点识别研究进展 黄海滨，，杨路明。，王建新z，陈建二2，v，李绍华。，．，杜秀英s (1．玉林师范学院数学与计算机科学系，1广西玉林537000) (2．中南大学信息科学与工程学院湖南长沙410083) (3．德克萨斯大学AM计算机科学学院，美国德克萨斯州77843-3112) (4．广东商学院计算机科学与技术学院，广东广州510320) (5．玉林师范学院图书馆，广西玉林537000) 摘要：与生物实验方法相比，基于网络拓扑的生物信息学方法在关键节点识别上 有独特优势．基于网络拓扑的关键节点识别主要依赖节点在生物网络中的拓扑特性， 通过观察节点网络拓扑参数的大小、所处的路径或模块的结构及其动力特性，在一 定程度上可以对其关键性进行推断．从节点的中心性测度、网络的拓扑参数及层次 结构等几方面总结了生物网络及其节点的主要拓扑特征；比较了蛋白质网络、代谢 网络及基因调控网络关键节点识别的主要方法；分析了节点拓扑参数计算、路径求 解及模块的划分及识别算法；指出生物网络关键节点识别上存在识别率不高、不同 研究结论的不一致甚至相互矛盾、现有算法对网络规模日益增长的不适应等问题， 并提出解决问题的思路及进一步研究的方向． 关键词：网络拓扑；生物信息；关键节点；识别；复杂网络 1引言 生命活动是生物体内大量相瓦作用的产物，大多数生物学特征本质上是由细胞内蛋白 质、DNA、RNA、小分子之间复杂相互作用的生物网络(基因调控网络、新陈代谢网络、蛋白 质交瓦网络等)的外在表现．从复杂系统的观点出发，利用生物信息学方法分析大鼍的生物实 验数据来反向分析和挖掘特定生物分子之间的关联信息、再现它们之间相互作用的网络拓 扑结构、揭示其复杂的作用机理等成为生物信息学研究的热点．大量观察表明节点在生物网 络拓扑结构中的地位与它在细胞内功能上的重要性有关，外界环境变化或者内部冲突作用于 具有不同拓扑特性的节点会导致网络表现出不同程度的鲁棒性或脆弱性【1-2J．突发性的干 扰通常作用于网络上随机选择的节点，对于网络的整体结构没有太大的影响，这是因为随机 选择的失效主要发生在多数非关键节点上，它们的缺失一般并不会破坏网络的整体特性，这 时网络表现出鲁棒性．当外界选择特定的网络关键部分进行破坏时，少数关键节点的移除将 把系统分裂成一些小而孤立的节点群，甚至可能观察到系统的相变和整个网络的解体，这是 收稿日期I2008-05-14 资助项目：国家自然科学基金；广西教育厅科研项目(2000911MSl96) 万方数据 7期 黄海滨，等：基于网络拓扑的生物网络关键节点识别研究进展 115 网络脆弱性的表现． 生物网络关键节点的研究主要是针对某些节点的移除对网络结构和功能的影响，其研究 由最初和最直接的生物实验方法发展到了生物信息学的方法，基于拓扑结构的关键节点的研 究通过揭示生物网络关键节点与相关拓扑特性的关系，为描述和理解活细胞内部相互作用的 拓扑结构与动力学特征以及功能的复杂性提供有效的方法和手段；通过发现关键分子及其相 互关系，从系统水平上为疾病诊治、药物设计等f3】从生物信息学的角度提供有价值的理论和 方法；通过引入新的计算理论和方法改进现有模型和算法，探索并发展更有效的生物网络关 键节点识别技术，深化信息技术在生命科学领域的应用． 本文的其余部分主要从生物网络的拓扑参数及特征、基于拓扑结构关键节点识别技术 及其相关算法等几方面总结了现有的研究成果，指出存在的主要问题，最后提出进一步研究 的思路． 2生物网络的拓扑特征 型，这些模型在大多数情形下都呈现某种程度的小世界特性和无标度特性，因而可以应用图 论及复杂网络的研究方法对它们的关键节点问题进行研究．节点及其连接(边)在这些