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2017-08-28 发布于江西
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柔性原子受体模型(FLARM).pdf

200Q年第60卷化学学报 Ⅷ砷．2加2 墅：塑：竺一竺竺坠!!些坠墼!：竺柔性原子受体模型(FLARM) (中国科学院过程工程研究所北京 ) V口 e^l 。中国冀篮一黔卷+1G0080，06 摘要柔性原子受体模型(Flexible Al帅lteeeptorModel，F／ARM)方法使用了改进的遗传算法(IGA)，比传统的受体模型方法具有更快的计算速度；FLAllM受体模型中的原子空间坐标在遗传演化过程中是可变的，避免了不合适的起始位点对模型的影响；另外，FIAtlIVl用增加空原子权重的方法，可以生成不完全封闭的、允许有大段空区域的受体模型，这样的模型能更好地模拟实际受体的结构，并且容易和药效团模型找到对应关系．我们用FLARM方法分别的抗HIV-1活性，计算结果表明FLARM生成的虚拟受体模型对配体分子的活性具有较高的预测能力，在此虚拟受体模型的基础上还可以进一步分析虚拟受体分子与配体分子的相互作用机制，对真实受体分子结构的活性位点进行初步预测美键词柔性原子受体模型，遗传算法，甾类化合物，TrD，药物设计 ZHOU，Jia-Ju‘ PEI，Jian-Feng (m砌m ofProc目西蚋∞衲g，0I☆Me血B幽woy妇ces，＆咖w100080) than Abstract Genetic hasa theconventional higherefficiency one8，has lrnpxoved Algorithm([CA)，which forFLARM(FIexibleAtom tllea1ⅧBinaFIARM model beenused ReceptorModel)akorithm．All receptor of am moveableinthe of c∞avoidthebiastheinitialeoordinatB spacially preeessgeneticevolving．This is chance theatomselectiontoobtain model atom favored(aof50％)in open setting．Voidspecially receptors that model abettersimulation0fthereal and allow la]噼gaps．Anopen mayprovide receptormayrationally to isthe to the model．Twodata∞缸fone cortieosterold correspondphanm_co