两种新的预测水平转移基因的方法.pdfVIP

中文摘要 一个生物体内的大部分基因来自于线性遗传后代，并分享着相同的理论进 化过程，但它体内也有相当一部分基因并非源于线性遗传，而是来自水平转移 过程，这些基因被称为外源基因。识别这些由水平转移过程所获得的基因不仅 对于重构生物体的进化历史非常重要，同时也有助于我们更深入了解这类基因 在生物体中的功能。 基于不同的理论基础，我们建立了两种新的水平转移基因预测战略，并将 其运用于预测几种蓝藻(Cyanobacteria)基因组中的水平转移基因。以下是我 们主要的研究内容和结果： 1．CGS(核心基因相似性)方法。在不同基因组中，核苷酸片段相对频率会呈 现出显著的差异，本算法诈是利用了这一特性。目自i『，也有其它一些方法 (如CAI，W8等)利用了这一特性在基因组中识别外源基因，但这些方 法都有同一个问题，即利用的是全部某一长度的核苷酸片段。由于全部的 片段中有许多片段并不含信息，所以这些方法的噪音过高，降低了识别外 源基因的能力。为解决这一问题，我们首先得出一组非常保守的训练基 因，这些基因分别在13个不同的蓝藻基因组中都有直向同源物，它们代 表了蓝藻的内源基因：接下来，我们在训练基因中获得了一组非常低频的