基于部分字的DNA编码设计与分析.pdfVIP

第27卷第 1期 计 算 机 应 用 研 究 VoI．27NO．1 2010年 1月 ApplicationResearchofComputers Jan．2010 基于部分字的 DNA编码设计与分析术 李 珍 ，王淑栋，李二艳 (山东科技大学信息科学与工程学院，山东青岛266510) 摘 要 ：DNA编码问题是DNA计算中的第一步也是最重要的一步 ，是 DNA计算中的一个基本问题。引入部分 字与其洞的定=；L，研究了部分字的洞与沃森一克里克汉明距离的内在联系，得到沃森一克里克汉明距离与DNA 编码的关系：通过分析不完全匹配部分字中洞的出现位置，对发生错误匹配的DNA码进行了优化。解决了DNA 编码 中除去洞分散分布在DNA双链 中的不完全 匹配问题 ，有效弥补 了杂交过程 中出现的假阳性的缺 陷，为DNA 编码 的研究注入 了活力 。 关键词：DNA计算；DNA编码；沃森一克里克汉明距离；部分字 中图分类号 ：TP18 文献标志码 ：A 文章编号 ：1001—3695(2010)01—0086—03 doi：10．3969／j．issn．1001—3695．2010．01．025 AnalysisanddesignofDNA encodingbasedonpartialwords LIZhen，WANG Shu—dong，LIEr—yan (CollegeofInformationScienceEngineering，ShandongUniversityofScietwe＆Technology，QingdaoShandong266510，China) Abstract：Thispaperintroducedthedefinitionsofpartialwordanditsholes．Researchedtherelationshipbetweentheholes andWatson—CrickHammingdistance．AndachievedtherelationshipbetweenWatson—CrickHammingdistanceandDNA enco· ding．OptimizedtheDNA codewithmismatchesbyanalyzingtheholepositionswhichpresentedinthepartialwoTds．Themis— matchproblem hadbeensolvedexceptthattheholesdistributeintheDNA strandsdispersedlyinDNA encoding． Keywords：DNA computation；DNA encoding；Watson—CrickHammingdistance；partialwords 的相容性包含了Hamming距离。 0 引言 1 基本定义及性质 1994年，Adleman 首次利用分子生物技术解决 了一个 具有七个顶点的有向Hamilton路问题。到 目前为止 ，DNA计 部分字的概念主要是针对DNA序列的错误匹配提出的。 算已经取得了突飞猛进的发展 。。，DNA编码作为 DNA计 例如图1中的两条链在位置 3，10发生了错误匹配，把这些既 算的…个基本 问题也取得了很大的进展。1996年，Baum 提 不相同也不互补的错误匹配的位置看成没有定义的位置。图 2中的两条链虽然在位置 3，4也发生了错误匹配，但这些位置 出DNA码字间相似度 的假设，并在此基础上给 出增大 DNA