微阵列比较基因组杂交技术检测儿童急性淋巴细胞白血病的遗传学异常.pdfVIP

中文摘要 儿童急性淋巴细胞白血病是最常见的儿童恶性肿瘤，占儿童癌症 的 30%。临床上划分治疗风险组依赖发病年龄、诊断时白细胞计数、 免疫学、细胞遗传学、泼尼松诱导反应等参数。采用不同的化疗强度 可使预后明显改善，尤其是急性淋巴细胞白血病（ acute lymphoblastic leukemia，ALL）的临床治愈率接近 80%,但 15-20% 的 ALL 最终会复发，且复发后的 5 年无病生存率（Disease Free Survival，EFS）仅仅 10-40%,是最常见的癌症相关死亡原因。遗憾 的是，部分最初是低风险或者良好细胞遗传学标记的患儿也会面临治 疗失败或复发，这说明白血病隐藏了更隐匿更显微的遗传物质改变。 可见传统的细胞和分子遗传学技术虽然在检测染色体数目或结构变 异上各有优势，但对亚显微的遗传物质改变的检测却受到种种限制， 例如传统的染色体检查方法 G 显带核型分析技术，虽然可以从宏观上 分析全套染色体的数目和结构异常，但是其分辨率低，最好约为 5-10Mb，白血病细胞培养失败和正常细胞过度生长占 40%比例，且不 同实验室之间对核型解释也有差异。荧光原位杂交（Fluorescence in situ Hybridization，FISH）虽然可以检测到染色体的亚显微结构异 常（分辨率由探针大小决定，可以达到 100Kb），但却要已知明确或 可疑异常的染色体异常，所以仅有少数几个有针对性的探针用于检测 几个 DNA 变异区域，不能做到全基因组筛查。微阵列比较基因组杂交 （array comparative genomic hybridization，array CGH）是一种 高分辨率、高通量、高效率的全基因组筛查技术，能检测到亚显微的 染色体异常（微重复或微缺失）、精确定位断裂点，分辨率高，达 100kb， 有效地弥补了现有方法的局限性，对于非平衡染色体畸变是一个强有 力的工具。本研究采用该技术检测急性淋巴细胞性白血病患儿的遗传 学异常，评估其在儿童急性淋巴细胞性白血病遗传学诊断上的应用价 值。 一、 目的 1 利用微阵列比较基因组杂交技术分析儿童急性淋巴细胞性白血病 患儿的遗传学异常，探讨其在白血病遗传学异常检测中的应用价值。 2 对儿童急性淋巴细胞白血病患儿进行全基因组 DNA 拷贝数异常 （CNVs）分析， 发现常见的染色体异常区域。 二、 方法 1 将 19例患儿提取骨髓基因组DNA 后按Affymetrix 公司的CytoScan HD Array 实验操作指南进行全基因组杂交与扫描，再用 Chromosome Analysis Suite 分析软件进行全基因组拷贝数变异分析。 2 数据库及文献比对分析 （1）查询database of genomic variants(http://pro ects.tcag.ca /variation; GRCh 37, Feb 2009),排除多态性 CNVs。 （2）查询 OMIM、NCBI、Ensembl 数据库了解涉及的染色体片段及基 因的是否与白血病相关。 （3）通过检索词“leukemia”、“cancer”、“ Acute lymphoblastic leukemia” 、“children”、“copy number aberration”、“array Comparative Genomic Hybridization”、“genetics”、涉及 CNVs 的 染色体或基因，如“1q44”、“IKZF1”等相互组合在pubmed 上搜索文 献，与实验结果比较。 三、 结果 1、每个患儿均检出涉及 4-11 条染色体的拷贝数变化，最常涉及的有 拷贝数变化最小共同区域（minimal common regions，MCR）的有 1q44、 8p11.22、9p21.3、12p13.31、12q21.3、14q32.33、22q11.22。 2、几个已经证实的白血病相关基因及癌症候选基因包括 CDKN2A、 CDKN2B、PAX5、 BTG1、IKZF1、OR2C3、VPREB1 在少量的样本中被检 测到，对于 ETV6 （虽然常涉及易位，但也会有缺失），JAK2 （致病性 与基因突变相关），ARID5B 等未能检出可能与样本数量少有关。 3、患儿 0819251 临床诊断为 ALL-L2,Pro-B,HR，BCR-ABL1 阴性， array-CGH 发现同时有 CDKN2A/CDKN2B （9p21.3），PAX5 （9p）和 IKZF1 （7p1