蛋白质数据库使用说明.pdfVIP

蛋白质数据库使用说明 1. 高级查询 - 1 - 2. 限定词说明 - 1 - 3. 显示格式说明 - 2 - 3.1. Summary 显示格式 - 2 - 3.2. FASTA 显示格式 - 3 - 3.3. SwissProt 显示格式 - 4 - 4. 数据下载流程 - 5 - 5. 数据提交 - 6 - 6. 附录 - 6 - 6.1. 蛋白质研究的历史 - 6 - 6.2. 蛋白质组学与生物信息学 - 7 - 2009 年10 月16 日 1.高级查询 在首页上点击“数据库”按钮，选择“蛋白数据库”进入蛋白质数据库主页。在蛋白质主页的左 侧栏点击“高级检索”，进入如下图的高级检索页面： 蛋白质数据库的高级检索可以最多使用三个限定词来进行更精确的检索，三个限定词之间可 以用“AND”和“OR”相连接，其中“AND”表示查询的结果中必须包含它所连接的两个关键词， “OR”表示查询的结果中至少包含它所连接的关键词中的一个。 在左侧的限定词框中可以选择的限定词包括：CAC、AC 、Entry Name 、Description 、Tax ID 、 Organism、Keywords 、Gene Name、Organelle、Length 以及Molecular Weight 等十一个限定 词。其中Length 和Molecular Weight 可以进行范围查询。 2.限定词说明 蛋白质数据库中相关的限定词说明如下： 限定词 描述 CAC 国内用户提交的数据编号 AC SwissProt 的序列或记录唯一的接收编号 Entry Name 录入名 Description 描述 Tax ID 物种分类号 Organism 与蛋白质有关的物种的学名和通用名 Keywords 与其它数据库专用词汇有关的索引名词 Gene Name 基因的标准名和通用名 - 1 - Organelle 细胞器官 Length 序列的总长度 Molecular Weight 蛋白质的分子量，单位为道尔顿 （Da ） 3.显示格式说明 蛋白质数据库的查询结果有三种显示结果：Summary、FASTA 和SwissProt。 3.1. Summary 显示格式 Summary 格式显示了蛋白质条目的摘要信息，主要有两部分组成： 1）蛋白质的名称，AC 号以及来源物种 2 ）对蛋白质的简要描述信息，如该组成该蛋白质的亚基和生物功能等 - 2 - 3.2. FASTA 显示格式 FASTA 格式第一行显示信息包括蛋白质录入名、AC 号以及来源物种。（下载保存后不保留） 第二行为序列的注释信息，以“”开头，后跟蛋白质的来源数据库、AC 号、录入名以及来 源物种。 第三行为蛋白质序列数据。 - 3 - 3.3. SwissProt 显示格式 - 4 - SwissProt 格式的每行由两个字符的Tags 标识，后接三个空格，然后是具体的信息，有关的 Tags 如下表： Tag Content 注释 ID Identification 蛋白质的标识符 AC Accession numbers 蛋白质的唯一标识号 DT Date 创建以及最后修改的