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分子标记及其应用平台 H＆M 2011年9月9日 主要内容 一、背景知识 二、分子标记及其应用 背景知识 遗传—通过细胞染色体（DNA）由祖先向后代传递的品质。 变异—指生物体子代与亲代之间的差异，子代个体之间的差异的现象。变异分为可遗传变异与不可遗传变异。前者是由于环境变化而造成，不会遗传给后代，如由于水肥不足而造成的植株瘦弱矮小；后一变异是由于遗传物质的改变所致。 遗传多样性 —种内不同种群之间或同一种群内不同个体的遗传变异总和。遗传多样性可以表现在多个层次上，如分子、细胞、个体等。 分子标记？ 所谓“标记”，是指“便于识别的标识或者记号”。分子标记的本质是便于识别的特异性DNA片段，能够识别生物个体或种群间基因组中某种差异，直接反映了DNA水平的遗传多态性。 分子标记主要技术 1）RFLP:限制性片段长度多态性 2）RAPD:随机扩增多态性DNA 3）AFLP :扩增片段长度多态性 4）MLPA:多重连接探针扩增技术　　 5）VNTR:数目可变串联重复多态性 6）STR:简单重复序列或微卫星标记　 7）SNP: 单核苷酸多态性 8) SSCP:单链构象多态性 　 限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP)是一种以DNA—DNA杂交为基础的第一代遗传标记。用于分析相关基因多态性的技术。即用同一种限制性内切酶，酶切来源于同一物种不同个体的基因组DNA，从而获得长度各异的DNA片段。 RFLP技术特点 1、分析所需DNA量较大， 2、步骤较多，周期长， 3、制备探针及检测中要用到放射性同位素 应 用 1、遗传多样性的研究 2、构建遗传图谱 3、标定基因 4、分子水平上选择目的性状 5、对作物数量性状基因进行定位 6、进行品种或品系遗传纯度的测定 2、随机扩增多态性DNA技术— RAPD 随机扩增多态性DNA (Random Amplified Polymorphism DNA，RAPD) 以单一的随机引物(一般为10个碱基)利用PCR技术随机扩增未知序列的基因组DNA获得的DNA片段长度变异。 它是利用随机引物通过PCR反应非定点扩增DNA片段，然后用凝胶电泳分析扩增产物DNA片段的多态性。 RAPD的优点： 无种属特异性 适合于自动化分析 不需制备探针、杂交等程序，成本较低。 DNA用量少，允许快速、简单地分离基因组DNA。 RAPD缺点： 是一种显性标记 稳定性较差 RAPD可用于对整个基因组DNA进行多态性检测，也可用于构建基因组指纹图谱。 1、品种鉴定、系谱分析：用于识别种群、家族、 种内或种间的遗传变异，为生物血缘关系或分类提供依据，还可以分析混合基因组样品等。 2、基因定位：例如定位了莴苣霜霉病抗性基因。 3、扩增片段长度多态性— AFLP 扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism)用PCR技术在体外扩增DNA时出现的片段长度多态的现象。 优点 AFLP 结合了 RFLP 和 RAPD两种技术的优点 AFLP应用 AFLP广泛用于构建遗传连锁图谱、基因组研究、遗传育种、亲子鉴定、遗传病诊断等领域。 AFLP 产生的多态性远远超过 RFLP 和RAPD 等技术，因而被认为是指纹图谱技术中多态性最丰富的一项技术。但该技术已申请专利， 在生产及商业上的应用受到一定的限制。 AFLP在动物品种鉴定中的应用 4、多重连接探针扩增技术— MLPA 多重连接探针扩增技术（multiplex ligation-dependent probe amplification ,MLPA）是一种针对待检DNA序列进行定性和半定量分析的技术。该技术高效、特异，在一次反应中可以检测45个核苷酸序列拷贝数的改变，目前已经应用于多个领域、多种疾病的研究。 1、高效：一次反应可以检测45个靶序列拷贝数的 改变。 2、特异：可以检测点突变。 3、快速：一次实验可以在24小时内完成。 4、简便：不同的试剂盒操作基本相同，容易掌握。 MLPA的应用 1、检测染色体亚端粒