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分子系统发育分析Phylogenetic analysis 刘东瀛 教学提纲 基本概念 基本操作步骤 序列的准备 序列的多重比对(multiple align) 序列格式的转换 进化树分析 进化树检验 常用软件 Definitions 系统发生（种系发生、系统发育）（phylogeny）：是指生物形成或进化的历史。 系统发生学(phylogenetics)： 研究物种之间的进化关系，其基本思想是比较物种的特征，并认为特征相似的物种在遗传学上接近。 结果往往以系统发生树（phylogenetic tree）表示，用它描述物种之间的进化关系。 系统发生学的应用 可应用于各种生物的进化分析： 基因鉴别分型，提供生物分类依据。如，新发传染病病原体的确定。 发现新的基因进化现象，发现新的病原体，帮助预防和控制疾病。 通过揭示基因进化规律，预测未来基因进化趋势。 考古学研究。 Phylogenetic analysis 原理： 根据序列同源性来分析物种/基因之间的进化关系。 同源性的判断往往根据BLAST，或者多重比对(multiple alignment)。 根据一定的理论来计算进化关系 结果用系统发育树（进化树）表示。 基本操作步骤 核酸序列的准备 序列的多重比对(multiple align) 序列格式的转换 系统发育分析 进化树检验,评估 进化树的编辑加工 1. 核酸序列的准备 根据研究目的，确定目的基因，全序列或者部分序列。序列长度500 bp。 a. 从网上下载目的基因的参考同源序列。 b. 做实验，获得PCR产物/质粒，测序，获得基因序列。 序列的格式：最基本的格式为FASTA。 把参考同源序列和你自己的序列全部做成一个FASTA文件。 Fasta format 序列名称ATGGAAAGAATAAAAGAATTAAGAGATCTAATGTCACAGTCCCGCACTCGCGAGATACTAACAAAAACCA 序列名称ATGGAAAGAATAAAAGAATTAAGAGATCTAATGTCACAGTCCCGCACTCGCGAGATACTAACAAAAACCA 可以用写字板/Word编写。 文件扩展名为fasta, fst 序列名称要求 应简短， 没有重复的名称， 没有软件所不认可的符号，如“-”，“？”，等等。 2. 多个序列比对(multiple alignment) 软件： ClustalW， Mega， BioEdit， DNAStar中的MegAlign 等等。 序列比对的应用价值 观察序列的同源性 观察序列保守区和多变区，确定功能区 设计PCR引物 发现突变位点 系统发育分析 Mega应用举例： 打开序列文件。 Alignment – Alignment explorer/Clustal –Retreive sequences from a file. 比对。Alignment – Align by ClustalW。 另存。Data – Export – Mega file 将序列长短不齐的地方删除。使最后的序列长度相等。 方法：Alignment – Alignment explorer/Clustal –Retreive sequences from a file. 选中要删除的序列部位，delete. 3. 序列格式的转换 为什么要转换格式？ 因为做系统发生分析的软件有很多，它们分别要求不同的序列格式。所以有时需要转换序列格式。 比如： PAUP，MrBayes要求序列为NEXUS格式。 Mega要求序列为MEGA格式。 如何获得所需要的序列格式？ 1. 如果你需要NEXUS(NXS)格式： 用ClustalX做比对，另存为NXS格式即可。 DNAsp软件可将MEGA转换成NXS。 2. 如果你需要Mega格式： 用Mega做比对，存为Mega格式即可。 4. 系统发育分析 系统发育树重建的基本方法 1. 最大简约法(maximum parsimony,MP) 2. 距离法(distance) 3. 最大似然法(maximum likelihood,ML) (1). 最大简约法（MP） 在最大简约法的概念下，生物演化应该遵循简约性原则，所需变异次数最少（演化步数最少）的演化树可能为最符合自然情况的系统树。 优点： 不需要在处理核苷酸或者氨基酸替代的时候引入假设（替代模型）。 运算速度快 最大简约法（MP） 缺点： 如果在分析序列上存在较多的回复突变时候，最大简约法可能会给出一个不合理的或者错误的进化树推导结果。 应用： 适用于序列相似性很高的情况 (2). 距离法 距离法又称距离