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PCR技术中几个重要知识点分析
张 俊(江苏省靖江高级中学 214500)
摘 要 本文重点对高中生物学教材中PCR技术的几个重要知识点进行分析解答。便于学生能够透彻理解PCR技术中的相关内容。
关键词 PCR配方 原理 过程引物 Mg2+对PCR扩增的特异性和产量有显著的影响,在一般的PCR反应中, Mg2+浓度为1.5~2.0mmol/L为宜。Mg2+浓度过高,反应特异性降低,出现非特异扩增,浓度过低会降低Taq DNA聚合酶的活性,使反应产物减少。[1]31)采用PCR技术可验证干扰素基因是否已经导入家蚕细胞。改PCR反应体系的主要成分应该包含:扩增缓冲液(含Mg2+)、水,4种脱氧核糖苷酸、模板DNA、_____________和_________________。
答案:TaqDNA聚合酶、两种引物。
解析:PCR反应体系的DNA聚合酶不是常见的普通DNA聚合酶,而是对热具有较强稳定性的DNA聚合酶该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活,不需要每个循环加酶,使PCR技术变得非常简捷、同时也大大降低了成本。PCR技术①DNA聚合酶不能从头合成DNA,而只能从3’端延伸DNA链,当引物与DNA单链碱基互补配对结合以后,就提供了一个3’-OH末端给DNA聚合酶形成磷酸二酯键延伸DNA链,因此DNA解开两条链后,必须有两种相应的引物与之相结合,DNA的两条单链方能延伸②在PCR技术扩增[2]
2 PCR原理和过程PCR技术的基本原理DNA双链复制,PCR过程分为三步(如图所示):
1)DNA变性(90℃-9℃):双链DNA模板在热作用下, 氢键断裂,形成单链DNA
2)退火(复性)(℃-60℃):系统温度降低,引物与 DNA模板结合,形成局部双链。
3)延伸(℃-75℃):在Taq酶(在72℃左右最佳的活性)的作用下,以dNTP为原料,从引物的5′端→3′ 端延伸,合成与模板互补的DNA链。
每一循环经过变性、退火和延伸,DNA含量增加一倍。
现在有些PCR因为扩增区很短,即使Taq酶活性不是最佳也能在很短的时间内复制完成,因此可以改为两步法,即退火和延伸同时在60℃-65℃间进行,以减少一次升降温过程,提高了反应速度。(1)利用PCR技术扩增目的基因,其原理与细胞内DNA复制类似(如右图所示)。 图中引物为单链DNA片段,它是子链合成延伸的基础。
①从理论上推测,第四轮循环产物中含有引物A的DNA片段所占的比例为 。
②在第 轮循环产物中开始出现两条脱氧核苷酸链等长的DNA片段。
答案: (1)①15/16 ②三
解析:根据PCR过程PCR过程A为模板,D为等长片断的目的基因)。
A经过复制制制制制制A为模板的DNA分子,通过PCR三次循环,可用如下图示反映其复制过程。可进一步通过数学模型研究,若复制的次数为x,获取等长片断的目的基因数目为y,在原料充足,条件适宜的情况下,经过x次循环能产生2x个子代DNA分子,其中B和B’DNA片段在任何一次循环后,其数量永远都是各一个;C和C’ DNA片段的数目各为x-1;等长片断的目的基因数目为y=2X-2x;所有的DNA分子都含有引物,含引物1或引物2的DNA分子各为2x-1,因此本题就不难得出其答案。
3 PCR反应体系中的对引物引物引物是PCR特异性反应的关键,PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上,只要知道任何一段模板DNA序列, 就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物,利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增。
设计引物应遵循以下原则:
①引物长度: 15-30bp,常用为20bp左右。
②引物扩增跨度: 以200-500bp为宜,特定条件下可扩增长至10kb的片段。
③引物碱基:G+C含量以40-60%为宜,G+C太少扩增效果不佳,G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
④避免引物内部出现二级结构,避免两条引物间互补,特别是3端的互补,否则会形成引物二聚体,产生非特异的扩增条带。
⑤引物3端的碱基,特别是最末及倒数第二个碱基,应严格要求配对,以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。
⑥引物中有或能加上合适的酶切位点, 被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点, 这对酶切分析或分子克隆很有好处。
⑦引物的特异性:引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。引物量: 每条引物的浓度0.1~1umol或10~100pmol,以最低引物量产生所需要的结果为好,引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增,且可增加引物之间形成二聚体的机会。
①第1组: ; ②第2组: 。
(3) PCR反应体
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